蛋白质水溶液内部电场分布问题

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发布时间: 2021-6-17 14:06

本帖最后由 gongrehk 于 2021-6-17 14:08 编辑用Gromacs模拟了蛋白质水溶液体系。现在想知道体系里电场的空间分布是什么样子的，请问有前辈了解过吗?感觉应该先得到电势分布然后算一下梯度以得到电场。关于空 ...

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gongrehk 发表于 Post on 2021-7-15 13:18:01

好的谢谢老师@sobereva 我考虑了外面一圈(共27个盒子)甚至更大一圈(共125个盒子)，对比了一下，只考虑外面一圈(共27个盒子)差不多就够了。我用的盒子大小是9nm。

sobereva 发表于 Post on 2021-7-1 06:25:00

gongrehk 发表于 2021-6-19 10:48
邻近的26个都考虑吗？这样是不是计算负荷会非常大?@sobereva

是
不代表计算量有多大，看具体体系大小。
不这样做的话当前盒子的边角、棱附近的区域的电场肯定不合理

gongrehk 发表于 Post on 2021-6-19 10:48:59

邻近的26个都考虑吗？这样是不是计算负荷会非常大?@sobereva

sobereva 发表于 Post on 2021-6-19 00:35:35

gongrehk 发表于 2021-6-18 11:03
谢谢sobereva老师! @sobereva
我目前用的盒子是9nm的立方体盒子。
那我先只考虑当前盒子以及与当前盒子各 ...

应该是相邻的26个盒子

gongrehk 发表于 Post on 2021-6-18 11:03:23

谢谢sobereva老师! @sobereva
我目前用的盒子是9nm的立方体盒子。
那我先只考虑当前盒子以及与当前盒子各个面直接相邻的六个盒子(L,0,0),(-L,0,0),(0,L,0),(0,-L,0),(0,0,L),(0,0,-L)l里面的原子的作用。

sobereva 发表于 Post on 2021-6-18 01:35:59

自己写个程序，计算某个点的静电势的时候，考虑当前盒子和四周相邻盒子里的原子就完了。如果盒子小，为了准确可以再考虑更大一圈的相邻镜像

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