喝了假咖啡 发表于 2025-7-6 22:00
请问卢老师，对于水层包围多巴胺的例子，生成各种构型后，做结构优化如何让水层保持近球形而不至于跑散呢？

没法严格实现。但只要初始结构合适，局部优化算法也不至于会把水层跑散

请问卢老师，对于水层包围多巴胺的例子，生成各种构型后，做结构优化如何让水层保持近球形而不至于跑散呢？

sobereva 发表于 2024-10-1 08:08
可以这样
另一种做法是跑动力学来产生traj.xyz，就省得分两种构象了

好的，谢谢老师

2877321934 发表于 2024-10-1 07:43
请问老师我想分别生成一个分子的两种不同构象在反应关键位点与两个水分子形成的簇，要求该分子只有一个，水 ...

可以这样
另一种做法是跑动力学来产生traj.xyz，就省得分两种构象了

请问老师我想分别生成一个分子的两种不同构象在反应关键位点与两个水分子形成的簇，要求该分子只有一个，水有两个，并且想最后把两种构象放在一起讨论能量，按照帖子里的教程好像不能只用一次genmer就实现，是否可以这样：将该分子的两种构象分别保存为a.xyz和b.xyz，第一次将一个a和2个水一起用genmer生成团簇，第二次将一个b和2个水一起用genmer生成团簇，然后再把两次生成的traj文件里的结构合并成一个再用xtb优化，再进行DFT优化。

sobereva 发表于 2024-8-25 01:07
不可以

好的，谢谢老师

Acommunist 发表于 2024-8-24 18:12
老师，请问genmer是否可以直接生成具有对称性的团簇初猜呢

不可以

老师，请问genmer是否可以直接生成具有对称性的团簇初猜呢

595032034 发表于 2024-3-14 17:52
老师您好，我用genmer生成的99个原子团簇初猜结构traj.xyz文件，放到molclus运行，结果全军覆没，都不收敛 ...

完全看不出来你要跑什么团簇
结构极其诡异的体系SCF难收敛是必然的

老师您好，我用genmer生成的99个原子团簇初猜结构traj.xyz文件，放到molclus运行，结果全军覆没，都不收敛，报错都是The optimization failed due to certain reason, e.g. SCF unconvergence, three atoms are lying in the same line，也改了坐标系，老师能帮我看看吗

谢谢

ncepu-stt 发表于 2024-1-30 12:18
假如我使用高斯开始计算了，但是想要降低泛函，我应该如何才能停止计算呢？

直接杀了呗

sobereva 发表于 2016-1-15 21:03
无论是genmer这样随意堆积，还是分子动力学，目的都是产生随机分布的构型（团簇要说构型而非构象），在势 ...

假如我使用高斯开始计算了，但是想要降低泛函，我应该如何才能停止计算呢？

hstime891013 发表于 2023-7-5 10:01
老師您好，請問genmer能否做到在同一分子裡，要圍繞著多個不同原子擺放CO2分子和H2O分子？
例如ABC為同一 ...

运行三次genmer可以实现

老師您好，請問genmer能否做到在同一分子裡，要圍繞著多個不同原子擺放CO2分子和H2O分子？
例如ABC為同一分子中的三個片段的中心原子，先固定A座標擺放CO2分子和H2O分子，接著再對B座標，最後對C座標。