sobereva 发表于 2025-10-20 19:00 谢谢卢老师，我目前成功使用molclus结合xtb开展构想搜索！ |
jermynM 发表于 2025-10-20 11:30 以这样的结构为初始结构跑动力学，表面活性剂会自发弯曲，在这个过程中会自发对构象空间进行采样，然后把得到的轨迹xyz文件交给molclus做构型搜索。步骤和下文的例子类似 使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索 http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html 使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索 http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html |
sobereva 发表于 2025-10-17 01:09 谢谢卢老师的回复，我尝试了genmer，得到了很多不错的结果，表活链也能进入环糊精的环内。但是由于我给的表活.xyz文件是直链结构，借助genmer生成的构象中表活进入环内的也是直链，我看到一些文献，表活进入主体内部的链会形成弯曲 或者 其他形状，请问如何才能改善这个问题？ |
jermynM 发表于 2025-10-16 22:52 1 没法考虑不同朝向、采样不充分 2 量子化学计算不体现浓度。凝聚相分子动力学可以体现浓度 |
| 卢老师您好，我最近在计算alpha环糊精结合表面活性剂的主客体电子密度计算，目前在进行构象的搜索遇到两个问题想请教：1、我目前所采用的方法是参照本贴4.11的例子，一个主体xyz和一个客体xyz去大批量的筛选（ngen≥500），有些时候客体能进去环中，有些不能（我也限定了客体的rmax），我的理想状态是客体都能进去，只是进去的形状位置不同。由此产生一个疑问，为什么不能直接认为把客体放进主体，然后去做构象优化呢？2、同一主客体体系在实验中有很多不同的浓度比，请问这样的情况在计算/建模过程中如何考虑？希望能得到老师的回复！感谢！！ |
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ 于 2025-9-7 11:09 编辑 Photon 发表于 2025-9-6 12:40 团簇具体有哪些种类和数量的原子？听起来能用“非晶态”描述，也就是和“晶态”相区别的话，得是几十纳米起步的尺寸了，这样有可能仅在重构/修饰的不同“终端”的表面表现得像“非晶态”无序结构，内部还保留有部分类似晶态的有序结构，此时直接取部分已知晶体结构也可以建模。 编辑：另外，务必当心团簇的电子结构是否可能强静态相关，需要多组态/多参考方法才能描述准…… |
Photon 发表于 2025-9-6 12:40 我对这概念不是特别了解，表面上看应该能这么说 |
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老师，您好！请问采用下述方法构建的模型能否称为非晶态金属-非金属团簇： 首先通过Genmer随机生成金属与非金属原子的初始构型，后利用Molclus程序进行团簇构型搜索，最终选取能量最稳定的构型。 |
喝了假咖啡 发表于 2025-7-6 22:00 没法严格实现。但只要初始结构合适，局部优化算法也不至于会把水层跑散 |
| 请问卢老师，对于水层包围多巴胺的例子，生成各种构型后，做结构优化如何让水层保持近球形而不至于跑散呢？ |
sobereva 发表于 2024-10-1 08:08 好的，谢谢老师 |
2877321934 发表于 2024-10-1 07:43 可以这样 另一种做法是跑动力学来产生traj.xyz，就省得分两种构象了 |
| 请问老师我想分别生成一个分子的两种不同构象在反应关键位点与两个水分子形成的簇，要求该分子只有一个，水有两个，并且想最后把两种构象放在一起讨论能量，按照帖子里的教程好像不能只用一次genmer就实现，是否可以这样：将该分子的两种构象分别保存为a.xyz和b.xyz，第一次将一个a和2个水一起用genmer生成团簇，第二次将一个b和2个水一起用genmer生成团簇，然后再把两次生成的traj文件里的结构合并成一个再用xtb优化，再进行DFT优化。 |
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好的，谢谢老师 |
Acommunist 发表于 2024-8-24 18:12 不可以 |
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