sobereva 发表于 2021-6-20 17:51 好的老师 谢谢您 |
ONTHEWAY 发表于 2021-6-19 13:41 提供给ATB pdb作为输入文件的时候，ATB根本就不会从你提供的文件里读连接关系，怎么成键都是ATB根据坐标自行判断的，考虑初始结构里成键设置没有任何意义 |
牧生 发表于 2021-6-19 17:31 好的，非常感谢您 |
本帖最后由 牧生 于 2021-6-19 17:33 编辑 ONTHEWAY 发表于 2021-6-19 17:15 ATB会提供itp和pdb文件。。由于使用了联合原子力场，所以需要使用红框内的itp和pdb 至于单键双键，不要去纠结了。只要不是很复杂，很特殊的分子，对于常规分子，ATB给出什么就用什么，一般也不会有啥大问题 
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牧生 发表于 2021-6-19 12:18 您好，我看您提供的老师写的博文里面介绍的方法都是需要其他文件的，我只有一个ATB提供的pdb文件，请问有什么方法可以分析分子中原子间的成键类型吗？（双键还是单键） 谢谢您。 |
sobereva 发表于 2021-6-19 12:44 老师，我还有一个问题，请问如我修改了ATB提供的分子的结构（单键改成双键，或双键改成单键之类的），则对应的ATB提供的拓扑文件也需要修改吗？ 主要是修改拓扑文件的哪些地方？谢谢老师。 |
sobereva 发表于 2021-6-19 12:44 好的 谢谢老师 |
牧生 发表于 2021-6-19 12:18 好的 谢谢您 |
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甭那么在意gview判断的成键类型，仔细看 谈谈原子间是否成键的判断问题 http://sobereva.com/414（http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html） 想用53A6干嘛，明明都是很老的GROMOS96。ATB上生成的拓扑文件用的力场是ATB开发者自己改的GROMOS96力场。GROMACS是程序，GROMOS96是力场的系列，完全不是并列关系 |
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谈谈原子间是否成键的判断问题 http://sobereva.com/414（http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html） ATB得到的文件，最好使用ATB提供的修改力场gromos54a7_atb.ff |
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