chen0201 发表于 2023-3-14 21:41 “平衡”指代不明 预平衡的情况，如果想让温度尽快平衡到参考温度，就把热浴的时间常数用小点的，比如50至100（Multiwfn创建的输入文件里默认用200，适合产生相使用） |
风飞 发表于 2021-7-14 11:14 您好，我想请问一下，预平衡和平衡的温度设置关键参数怎么设置呢？ |
sobereva 发表于 2021-7-26 01:06 嗯，好的 谢谢老师，语义不明处已修改， 按照您说的，对于气固模型需要固定原子， 对于之前的问题，我在CP2K的邮件列表问了， 有老师说让我分段进行： 他的建议描述如下： I forgot to mention, when all commented things work well, if you want to thermalize the system after running a production dynamics, it is advisable to run the thermalization in two steps instead of just one run. I use a two step procedure, running first a thermalization with a short TIMECON (50 or 100 fs) and REGION MASSIVE, to have a strong coupling and fast temperature stabilization, then restart using a higher TIMECON (200 fs or what you want for production) and REGION GLOBAL, restarting the thermostat between step 1 and 2. With this procedure usually you obtain a better thermalization in a short number of steps.’ 我尝试了该的方式，发现使用REGION MASSIVE 时和原子位置固定有冲突，但是和热浴原子范围没有冲突，请问我在原子固定的设置方面也是使用分段进行呢？还是？ 即，在到达目标温度前，使用REGION MASSIVE 且不固定原子，但是热浴指定原子，到达稳定的目标温度后，设置REGION GLOBA，且开始对非热浴区域进行固定 此外，请问对于TEMP_TOL=0 这个参数，请问对于当温度偏差多大的时候，使用合适呢？ 我尝试，在目标温度973K的条件下，使用TEMP_TOL=0，REGION GLOBA 没有固定原子，跑了1.5 ps 发现温度偏差是-29K-42K（即944-1014K） ，请问有必要使用TEMP_TOL这个参数吗？ |
风飞 发表于 2021-7-25 05:51 1 需 2 “且热浴固定原子外的原子”语义不明。如果是指不固定的部分使用热浴，是这样 3 一般用默认的0就行。如果不为零，则实际温度与参考温度偏差超过这个值，会被强行scale到这个范围内 |
sobereva 发表于 2021-7-23 03:40 嗯， 好的 谢谢老师，我也再去找找 |
get-it 发表于 2021-7-23 03:52 嗯，相关文献，我综合起来看过， 但是他的描述都没那么的细，请问您那边是否有推荐呢？我主要是做固体表面的吸附反应动力学 |
| 我觉得你最好找找相关的文献，看看别人怎么模拟的，否则可能会白费工夫。 |
风飞 发表于 2021-7-22 21:11 我个人也没什么额外建议，更多的只有开发者能给出comment了，可以到邮件列表问问 |
风飞 发表于 2021-7-20 14:51 也许和当前设热浴的部分与设了FIXED_ATOMS的部分有直接成键作用有关，不好说。姑且用当前的结果应该也能说明实际问题 |
| 再继续跑 |
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