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求助萃合物结合能计算的结果与实验的结果正好相反

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发布时间: 2021-6-22 15:34

正文摘要:

我用guassion优化得到萃合物的结构,如下图所示,优化完之后我分别计算了Zn离子和优化后得到的两个萃取剂分子的能量(直接在优化后的萃合物上扣掉了Zn离子),然后用得到的能量求和在减去萃合物的能量得到结合能,然 ...

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一五一十 发表于 Post on 2021-6-24 09:36:51
sobereva 发表于 2021-6-23 00:29
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

好的好的,下次一定注意
sobereva 发表于 Post on 2021-6-23 00:29:20
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚反映出帖子具体内容,避免有任何歧义,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“萃合物结合能”改了,以后务必注意,下次将扣分处理

记住Gaussian怎么正确拼写
一五一十 发表于 Post on 2021-6-22 20:57:02
wzkchem5 发表于 2021-6-22 20:38
在有机溶剂里,疏水基团也会和溶剂有相互作用,只不过可能表现为吸引而非排斥。所以忽略溶剂仍然是不行的

好的,谢谢
wzkchem5 发表于 Post on 2021-6-22 20:38:02
一五一十 发表于 2021-6-22 12:14
我的萃合物只有疏水基团不同,但是萃取剂是溶解在有机物中啊,会是因为疏水基团的作用吗,第一个算出来的 ...

在有机溶剂里,疏水基团也会和溶剂有相互作用,只不过可能表现为吸引而非排斥。所以忽略溶剂仍然是不行的
一五一十 发表于 Post on 2021-6-22 19:14:00
wzkchem5 发表于 2021-6-22 17:53
Zn的第一配位层必须用显式溶剂饱和,第一配位层以外的溶剂效应必须用隐式溶剂模型描述。
你算的相当于是真 ...

我的萃合物只有疏水基团不同,但是萃取剂是溶解在有机物中啊,会是因为疏水基团的作用吗,第一个算出来的结合能是-675.13 kcal/mole,第二个是-678.13 kcal/mole,第三个是-694.10 kcal/mole,可是实验的结果是第一个萃取性能最好,第三个性能最差。
一五一十 发表于 Post on 2021-6-22 18:16:21
wzkchem5 发表于 2021-6-22 17:53
Zn的第一配位层必须用显式溶剂饱和,第一配位层以外的溶剂效应必须用隐式溶剂模型描述。
你算的相当于是真 ...

好的,谢谢
wzkchem5 发表于 Post on 2021-6-22 17:53:18
Zn的第一配位层必须用显式溶剂饱和,第一配位层以外的溶剂效应必须用隐式溶剂模型描述。
你算的相当于是真空里萃取剂离子和裸露的Zn2+的配位,这显然完全不符合实际,第一会严重高估结合能(因为裸露的Zn2+比水溶液里的Lewis酸性要强得多),第二会忽略萃取剂分子之间的疏水相互作用,如果你研究的萃取剂只有疏水基团不同的话,彼此之间的差别完全可能是因为疏水作用的强度不同,如果你不加溶剂模型,就完全算不出疏水作用。
此外,你的疏水基的flexibility比较强,应该做构象搜索,你用的构象如果不是最稳定构象的话,很可能不能代表真实体系。

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