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求助蛋白-配体复合物模拟限制性动力学步骤崩溃

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Cephii

发布时间: 2021-6-22 16:32

正文摘要:

本帖最后由 Cephii 于 2021-6-28 10:35 编辑体系是这样的：一个蛋白和两个不同的配体（命名为：PMP和UNK）一起跑分子动力学，配体和蛋白初始位置是分子对接得到的。我遇到的问题是：体系做能量极小化前产 ...

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Cephii 发表于 Post on 2021-6-28 20:48:04

Seymour 发表于 2021-6-28 14:15
苯环上的N不需要加氢吧。而且你好像有个羟基上的氢没加上。

上面PMP的图应该放错了，最后md跑通的配体结构是从ZINC里面下载的，里面有一个PH=7.4条件下的质子化状态，没有更多的数据也就按照他的结构来做了。

PMP结构链接：http://zinc.docking.org/substances/ZINC000001532708/

Seymour 发表于 Post on 2021-6-28 14:15:35

苯环上的N不需要加氢吧。而且你好像有个羟基上的氢没加上。

Cephii 发表于 Post on 2021-6-28 10:00:44

目前问题已经解决了，问题可能出在加溶剂的时候水的位置不是特别好导致跑动力学步长大时容易崩溃。解决方法是更换ZINC上下载的小分子mol2文件重新对接作为初始构象，同时将限制性动力学的mdp文件中步长1fs改为0.2fs，总时长改为50ps。md过程按之前程序正常跑。
对于一直出现的WARNING 1 [file ffnonbonded.itp, line 72]: Too few parameters on line (source file 这个提示并不影响后续进行动力学过程，对此体系忽略即可。
感谢各位老师的解答！

Cephii 发表于 Post on 2021-6-23 10:22:29

sobereva 发表于 2021-6-23 00:50
我没时间仔细看你的文件，但大概率是配体的拓扑文件有问题
建议你先在真空下单独跑每个配体的动力学，检查 ...

好的我试一下单独跑动力学，谢谢老师！

sobereva 发表于 Post on 2021-6-23 00:50:44

我没时间仔细看你的文件，但大概率是配体的拓扑文件有问题
建议你先在真空下单独跑每个配体的动力学，检查是否能正常跑、结构波动是否合理
Too few parameters on line这种提示一般说明拓扑文件相应的行的定义格式有问题，仔细检查

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