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求助：构建环状DNA拓扑结构时发生'Atom have no type'

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不知去向的小狼

发布时间: 2021-6-24 01:17

正文摘要:

使用oxDNA制作了一个环状DNA结构，现在用ambertools20 leap构建amber拓扑文件命令如下： pdb4amber -i 45e.pdb -o 45e-amber.pdb tleap >source leaprc.DNA.bsc1 >loadamberparams frcmod.ionsjc_tip3p ...

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HZW 发表于 Post on 2021-7-5 15:41:36

oxDNA构建的核酸结构就算转换成PDB后还是考虑比较精细的CG模型，用amber的全原子力场来准备肯定不对罗，还是回归到用oxDNA模拟吧

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