swordshine 发表于 2021-6-27 08:18
不知你有没有实际做过COF的建模，你可以试试一开始就带上H建个模，简单结构还好，复杂的根本找不到哪里出 ...

老哥 能不能加个联系方式 想请教一下COFs建模问题   感觉您对这方面懂得多一些，我新手啥也不懂哎

做了N多次结构模型的表示问题就在于没加H

以上的回复都没答到key point上，这种情况不管加不加H,都可能变形啊。因为没有对称性限制，一开始至少要用P3空间群限制就可以了。

ABetaCarw 发表于 2021-6-26 22:20
不同意楼上老哥关于不带H的操作。我认为 带H clean 和力场下优化才不会出错，如果是为了对称性考虑，那也应 ...

您好，想请教一下，我有个COF，find symmetry的时候给出来的是P1，感觉不对，我预计是P3，请问这是为什么呢，我的结构看起来没问题了

别的程序不知道，对于MS来说如果不加氢优化COF，必须手动分配力场和电荷才可能合理。

ABetaCarw 发表于 2021-6-26 22:20
不同意楼上老哥关于不带H的操作。我认为 带H clean 和力场下优化才不会出错，如果是为了对称性考虑，那也应 ...

不知你有没有实际做过COF的建模，你可以试试一开始就带上H建个模，简单结构还好，复杂的根本找不到哪里出了问题。至于建模时的初步模拟，一个forcite下的geometry optimization只要几秒钟，何来资源一说

量化计算新手村 发表于 2021-6-26 22:43
氢都是先不加的吧，我感觉已经调整得蛮好的了，才去进行结构优化的，但还是找不到论文一样的对称性

不加H  你进行力场优化或者Dmol3计算 纯属是在浪费计算资源

ABetaCarw 发表于 2021-6-26 20:05
H呢？搞笑呢？
结构画对了 成键搞对了  你用什么力场都可以。UFF都能搞。
弯折太严重 先别搞优化 先把晶 ...

氢都是先不加的吧，我感觉已经调整得蛮好的了，才去进行结构优化的，但还是找不到论文一样的对称性

不同意楼上老哥关于不带H的操作。我认为 带H clean 和力场下优化才不会出错，如果是为了对称性考虑，那也应该搞完优化后 再去删H 找对称才合适。

COF建模第一步可以先不画氢，加了氢原子会非常复杂，不利于找到体系里对称性不对的地方，搞定对称性后再补上氢就可以了。你可以看看这个分子的原文献。如果有一些有机化学的知识，可以知道砜的氧是平面外的，如果是常规的eclipsed堆积，那么会有很大的位阻，要避免这种位阻，显然需要做处理，即再补一层该结构，把中间的含砜的环翻个身，让两层中砜的氧在不同侧。搞定后再补上氢进一步优化。

H呢？搞笑呢？
结构画对了 成键搞对了  你用什么力场都可以。UFF都能搞。
弯折太严重 先别搞优化 先把晶胞参数调整到差不多 再去clean。看着顺眼后 再去优化。

swordshine 发表于 2021-6-26 16:27
属于建模时操作的问题。画好后优化的第一步不要优化晶胞，然后找出对称性后再优化晶胞

第一步没有优化晶胞呢，都是先直接优化结构而已，然后优化完想找对称性，要么就依旧是p1，要么有其他的对称性，但跟论文中的不一样。我尝试着把论文中的晶胞拿过来，复制了他的单体进来优化，发现虽然扭曲的没有那么厉害了，但还是有一些部分发生了偏转，得不到完全的平面。