HJC 发表于 2021-7-12 15:32
老师，请问对于有机聚合物分子 模拟给/受体界面时，成品模拟大致需要长时间呢？30，50 or 100 ns？

看近些年相关文献里普遍跑多长

sobereva 发表于 2021-7-1 02:57
1 气相、真空要结合具体语境来说，说清楚什么情况跑什么体系的什么问题。大多数语境下二者是一码事

2  ...

老师，请问对于有机聚合物分子 模拟给/受体界面时，成品模拟大致需要长时间呢？30，50 or 100 ns？

HJC 发表于 2021-6-30 15:17
谢谢老师，另外想再向您咨询两个问题：
1.官网给出的pbc=no，是针对气相和真空的，可气相和真空并不相同 ...

1 气相、真空要结合具体语境来说，说清楚什么情况跑什么体系的什么问题。大多数语境下二者是一码事

2 没什么不合理的。诸如你模拟个水球，如果不用三维周期性，随着模拟进行就有水分子逐渐蒸发到无穷远回不来了。用三维周期性结合足够大的真空层才能确保水球里的分子数守恒。

1 盒子是空的，或者没有盒子且周围也没其它分子，显然等同于真空

2 真空下模拟不代表一定不设盒子。较大的盒子里在分子周围留出很大真空区也等于真空下模拟

3 不

4 虽然不是不能切换，但这么切换莫名其妙

5 最好用和力场原文一致的设定。不讲究的话，通常1.0、1.2都可以，后者原理上更好点但耗时更高

6 通常不需要考虑分子特征

7 不建议在较高温度下直接产生初速度，否则容易崩溃。我通常都建议通过退火设定线性升温