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动力学模拟中部分分子远离盒子，如何避免这种情况呢？

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马博士

发布时间: 2021-6-30 16:38

正文摘要:

在利用CP2K跑动力学过程中，建立水滴模型，设置盒子大小为35*35*35埃，水滴放在盒子中间，直径在10埃左右。在跑MD预优化过程中其中一个水分子远离水滴，如何避免这种情况呢？还是说MD本身就是周期性，不用管？附件是 ...

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七尺贱 发表于 Post on 2024-7-16 09:22:15

马博士发表于 2021-7-6 08:57
你说的是给选择的CV设置WALL吧，这个我之前做过
   &WALL
      TYPE QUADRATIC

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15689900879@163 发表于 Post on 2024-7-14 14:06:54

本帖最后由 15689900879@163 于 2024-7-14 14:08 编辑

马博士发表于 2021-7-6 08:57
你说的是给选择的CV设置WALL吧，这个我之前做过
   &WALL
      TYPE QUADRATIC

您好，我也设置了wall，将CV限制在[a, b]范围内，CV是配位数，但是COLVAR.metadynLog文件中CV值脱离了我设置wall的限制，fes.dat文件类似，CV值反而在[a-c, b+d]范围内。请问您的运行结果如何呢？是否也出现这种情况呢？此外，在官网中，K的单位不是hartree吗？

k64_cc 发表于 Post on 2021-7-15 15:44:41

马博士发表于 2021-7-14 17:59
每一个都加要怎么处理呢？比如说水滴中水分子之间O-H之间距离为变量，没法设置最大值和最小值啊，不同位 ...

所以我说你用PLUMED，别用它自带的了……

马博士 发表于 Post on 2021-7-14 17:59:10

k64_cc 发表于 2021-7-6 10:44
把每个分子都定义一个CV，然后加wall

每一个都加要怎么处理呢？比如说水滴中水分子之间O-H之间距离为变量，没法设置最大值和最小值啊，不同位置之间的距离差距太大了

k64_cc 发表于 Post on 2021-7-6 10:44:26

马博士发表于 2021-7-6 08:57
你说的是给选择的CV设置WALL吧，这个我之前做过
&WALL
TYPE QUADRATIC

把每个分子都定义一个CV，然后加wall

马博士 发表于 Post on 2021-7-6 08:57:22

k64_cc 发表于 2021-7-5 11:45
连用PLUMED，用UPPER_WALL。

你说的是给选择的CV设置WALL吧，这个我之前做过
   &WALL
      TYPE QUADRATIC
      POSITION [angstrom] 3.50
      &QUADRATIC
         DIRECTION WALL_PLUS
         K [kcalmol] 100.0
      &END
      &END
      &WALL
      TYPE QUADRATIC
      POSITION [angstrom] 1.00
      &QUADRATIC
         DIRECTION WALL_MINUS
         K [kcalmol] 100.0
      &END
但是这个对自己选择的CV有效，现在的面临的问题是做NVT动力学优化的时候分子容易散开，但是产生的cell文件显示X,Y,Z是恒定的，不明白为什么

k64_cc 发表于 Post on 2021-7-5 11:45:54

马博士发表于 2021-7-5 10:41
这个wall该怎么加呢？官网上的例子中有两种添加外部势的方法，一种是：
&EXTERNAL_POTENTIAL
F ...

连用PLUMED，用UPPER_WALL。

马博士 发表于 Post on 2021-7-5 10:41:16

k64_cc 发表于 2021-7-3 14:11
CP2K可以不用周期性，你跑droplet也不应当用周期性。

水分子的蒸发属于正常现象，但是就CP2K来说，noPBC ...

这个wall该怎么加呢？官网上的例子中有两种添加外部势的方法，一种是：
  &EXTERNAL_POTENTIAL
   FUNCTION (A/B)*Z
   VALUES [eV] 0.2 [angstrom] 1.0
   PARAMETERS A B
&END EXTERNAL_POTENTIAL
表示在z方向上有恒定的势梯度0.2 eV / Angstrom。一种是设置球形势：
  &EXTERNAL_POTENTIAL
   ATOMS_LIST 61..70
   FUNCTION 0.000000000001*(Z^2)^4
  &END

  &EXTERNAL_POTENTIAL
   ATOMS_LIST 61..70
   FUNCTION 0.0000000000001*(X^2)^4
  &END

  &EXTERNAL_POTENTIAL
   ATOMS_LIST 61..70
   FUNCTION 0.0000000000001*(Y^2)^4
  &END
但是不清楚它的函数代表什么意思，直接使用之后跑NPT分子完全散开了，分子和分子之间没有相互作用。查手册说是EXTERNAL_POTENTIAL的添加只针对DFT，那对于纯力场的NPT优化该如何添加呢？

k64_cc 发表于 Post on 2021-7-3 14:11:52

CP2K可以不用周期性，你跑droplet也不应当用周期性。

水分子的蒸发属于正常现象，但是就CP2K来说，noPBC体系的粒子也是不能出格子的，否则电子密度计算会出问题，并且报一堆warning，你应该能在SCF iteration里看到它们。建议加一个wall挡住。

马博士 发表于 Post on 2021-7-3 11:13:48

sobereva 发表于 2021-7-1 04:48
光从一个角度看不清楚
仔细看MD过程中分子的运动轨迹判断是什么情况

很抱歉，没有太明白是什么意思？这个水分子的质心是不断远离整体的质心的，距离已经达到10埃，没有相互作用了。另外，如果我把Box的大小设置更大一些或小一些，会有更多的水分子跑出来

sobereva 发表于 Post on 2021-7-1 04:48:23

光从一个角度看不清楚
仔细看MD过程中分子的运动轨迹判断是什么情况

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