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gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具

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sobereva

发布时间: 2015-12-18 04:50

正文摘要:

注：每次molclus程序包里的gentor更新时此文也都会同步更新。本文内容始终对应于molclus官网上的最新版本的情况。 gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具gentor: A convenient tool for molecular conformati ...

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2877321934 发表于 Post on 2024-9-22 05:53:14

sobereva 发表于 2024-9-21 23:26
通常在二氯甲烷溶剂盒子里跑MD

好的谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2024-9-21 23:26:27

2877321934 发表于 2024-9-21 06:26
请问老师，如果我用gromacs进行动力学采样，但是我的体系是在二氯甲烷溶液中，此时跑动力学需要加溶剂形成 ...

通常在二氯甲烷溶剂盒子里跑MD

2877321934 发表于 Post on 2024-9-21 06:26:03

请问老师，如果我用gromacs进行动力学采样，但是我的体系是在二氯甲烷溶液中，此时跑动力学需要加溶剂形成溶剂包裹层来跑吗

lynn_nj 发表于 Post on 2024-6-18 20:06:51

cokie 发表于 2024-6-18 13:23
不带“K”，想要多少K，直接输入数字（像图里一样）

感谢老师！按照这个，问题解决好啦

cokie 发表于 Post on 2024-6-18 13:23:08

lynn_nj 发表于 2024-6-18 11:28
老师好，想问一下这个输入温度值300，是在isostat里直接输入“300K”吗？在另一篇文章里看到说是先输y，再 ...

不带“K”，想要多少K，直接输入数字（像图里一样）

微信截图_20240618132219.png (142.71 KB, 下载次数 Times of downloads: 21)

像这样

lynn_nj 发表于 Post on 2024-6-18 11:28:42

老师好，想问一下这个输入温度值300，是在isostat里直接输入“300K”吗？在另一篇文章里看到说是先输y，再输温度值，但是这两种方法按完回车后出现结果立马就闪退了，应该怎么让结果停在屏幕上呢。

202406181127586403..png (49.17 KB, 下载次数 Times of downloads: 21)

sobereva 发表于 Post on 2024-4-9 10:09:31

qaqfdmmj 发表于 2024-4-8 20:57
感谢sob老师！我今天实操试验我的分子的时候偶然发现实例2中用RI-PWPB95-D3(BJ)/def2-QZVPP去算单点能的那 ...

本来这就是ORCA的关键词，看手册

qaqfdmmj 发表于 Post on 2024-4-8 20:57:32

感谢sob老师！我今天实操试验我的分子的时候偶然发现实例2中用RI-PWPB95-D3(BJ)/def2-QZVPP去算单点能的那一段inp文件中多了一行noautostart，如果没有注意到这个会运行报错“ERROR: expect a '$', '!', '%', '*' or '[' in the input”

qyyos 发表于 Post on 2024-2-19 16:25:08

本帖最后由 qyyos 于 2024-2-29 10:58 编辑

sobereva 发表于 2024-2-19 14:39
可
运行方式不对
参看北京科音基础（中级）量子化学培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KBQC_con ...

Sober老师，我按您说的用cmd运行molclus，报错信息如下：这种是啥情况呢？我把文件放在附件，能麻烦您帮忙看一下吗？试错了几天实在是不知道怎么办了

All frames in the inputted trajectory file will be processed
forrtl: severe (59): list-directed I/O syntax error, unit -5, file Internal List-Directed Read
Image             PC       Routine          Line       Source
molclus.exe       00F3B5C9  Unknown             Unknown  Unknown
molclus.exe       00F2C7F3  Unknown             Unknown  Unknown
molclus.exe       00F2AD11  Unknown             Unknown  Unknown
molclus.exe       00EF2C55  Unknown             Unknown  Unknown
molclus.exe       00F8148F  Unknown             Unknown  Unknown
molclus.exe       00F8188A  Unknown             Unknown  Unknown
KERNEL32.DLL    7686FCC9  Unknown             Unknown  Unknown
ntdll.dll       77B87C5E  Unknown             Unknown  Unknown
ntdll.dll       77B87C2E  Unknown             Unknown  Unknown

54}F]X(PKK8R9`G}]3IHH7S.png (103.24 KB, 下载次数 Times of downloads: 28)

settings.ini

3.59 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

template.gjf

83 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1

traj.xyz

22.25 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

qyyos 发表于 Post on 2024-2-19 14:12:06

Sober老师，您这篇讲的是在Linux系统下面计算是吗？在Windows下能调用Gaussian吗？我试了几次，没反应，不知道是我操作错了还是必须得用Linux？

sobereva 发表于 Post on 2022-11-17 16:15:33

hmx 发表于 2022-11-17 10:42
原来如此谢谢老师！那请问能gentor和MOPAC可以设定溶剂模型吗如何设置呢

溶剂模型跟gentor无关
MOPAC里用eps=xxx设置溶剂的介电常数为xxx，显然修改模板文件即可

hmx 发表于 Post on 2022-11-17 10:42:38

sobereva 发表于 2022-11-17 01:53
带着隐式溶剂模型表现极性溶剂环境才能维持这种状态。真空下计算的话，自然质子会被COO-吸过去

原来如此谢谢老师！那请问能gentor和MOPAC可以设定溶剂模型吗如何设置呢

sobereva 发表于 Post on 2022-11-17 01:53:50

带着隐式溶剂模型表现极性溶剂环境才能维持这种状态。真空下计算的话，自然质子会被COO-吸过去

hmx 发表于 Post on 2022-11-16 15:09:43

本帖最后由 hmx 于 2022-11-16 15:13 编辑

老师您好想请问一下我使用的是gentor筛选的氨基酸结构使用的初始构型为质子化的氨基和去质子化的羧基但是通过gentor和用molclus调用MOPAC初优化之后这个氨基上的氢会转移到羧基上尝试使用了示例中固定原子一同旋转也没有解决有什么办法可以不让它转移吗？

202211161507103879..png (82.1 KB, 下载次数 Times of downloads: 45)

202211161508387934..png (15.44 KB, 下载次数 Times of downloads: 49)

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