zhoulipan 发表于 2026-1-19 15:37 不用考虑频率校正因子 而且本身B97-3c就是基于纯泛函定义的，众所周知纯泛函的频率校正因子很接近1 |
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Sob老师新年好！ 关于5.4 用gentor+molclus构象搜索流程中，我几何优化用的是ORCA的B97-3c方法，之后算单点能采用的是RI-PWPB95-D3(BJ)/def2-QZVPP，能量排序之后接着我又用B97-3C freq去振动分析，在得到自由能校正量的过程中，谐振频率校正因子（ZPE校正因子）应该是多少呢？我在221的博文提供的文献里面没有找到这个方法的。实在是抱歉打扰老师您了！ |
ginlpein 发表于 2025-12-14 00:22 会忽略。翻转之后就算是不同构型了，而gentor只是产生不同构象 如果用gentor，你可以对翻转前后分别产生一批构象，把traj.xyz合并 要么就跑动力学产生traj.xyz，不过如果翻转势垒不低，MD过程中也不会自发翻转 |
| sob老师，请问gentor这套用于含叔胺结构的构象搜索是不是会忽视掉孤对电子朝向翻转的情况？叔胺接三个不同的基团，如果只考虑单键旋转的系统搜索，感觉会把氮原子当作伪手性位点而忽略掉另一半构象？现在正在打算做的计算，单个分子大小不大，但是不同结构数量很多，且关键结构都涉及叔胺。因为都是孤立分子计算，我在考虑是使用gentor这套比较合适，还是xtb跑MD那套。 |
今天吃了吗 发表于 2025-11-11 14:36 没gentor的ini文件和得到的traj.xyz我没法理解说的情况 |
| sob老师，我想做内嵌富勒烯中内嵌团簇的旋转，我用这个帖子的设置方式发现笼子也跟着运动了，想请问一下怎么设置就能保证笼子不动只有内嵌团簇来旋转呢？谢谢老师 |
sobereva 发表于 2025-6-5 00:31 嗯嗯，好的，期待能加上这个功能。 |
GoldenBaby 发表于 2025-6-4 20:57 没法只转这个 |
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sob老师，请问如果我想扫描中间这个苯环，请问应该如何设置？ |
屏幕截图 2025-06-04 205555.png (62.87 KB, 下载次数 Times of downloads: 101)
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-5-20 10:09 就是常规方式计算，没有什么特殊性。对于gentor一般处理的体系规模，直接N(N-1)/2的耗时也没多高。只有经典力场的动力学程序之类的，才需要绞尽脑汁降低这种循环的耗时 |
| 参与人数Participants 1 | eV +1 | 收起 理由Reason |
|---|---|---|
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| + 1 | 哦哦，multiwfn源代码plot.f90也是常规方式. |
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社长，文中提到“默认情况下，原子间距离小于它们的共价半径和的1.15倍就被视为成键”这点，在gentor里的代码实现思路是什么样的呢？ “以二重for循环遍历所有原子对”的简单想法要判断N(N-1)/2次，有没有更低标度的算法或者适当剪枝等技巧可用呢？ |
sobereva 发表于 2024-9-21 23:26 好的谢谢老师 |
2877321934 发表于 2024-9-21 06:26 通常在二氯甲烷溶剂盒子里跑MD |
| 请问老师，如果我用gromacs进行动力学采样，但是我的体系是在二氯甲烷溶液中，此时跑动力学需要加溶剂形成溶剂包裹层来跑吗 |
cokie 发表于 2024-6-18 13:23 感谢老师！按照这个，问题解决好啦 |
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