求助 SiO2 001面模拟吸附的问题

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发布时间: 2021-7-1 17:18

本帖最后由 ONTHEWAY 于 2021-7-1 17:22 编辑 1 请问我用MS切了一个SiO2的001面这些未连接的原子需要删除吗 2 如果不删除的话在用GROMACS跑模拟的时候，这些原子跑其他的地方了该怎么解决？ 3 在 ...

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moluren 发表于 Post on 2021-12-5 10:58:11

谢谢sob老师，我找到了

sobereva 发表于 Post on 2021-12-3 07:41:00

moluren 发表于 2021-11-30 15:52
请问，在上述模拟过程中，二氧化硅的top文件是怎样获得的呢，谢谢，请大佬不吝赐教

x2top

moluren 发表于 Post on 2021-11-30 15:52:33

请问，在上述模拟过程中，二氧化硅的top文件是怎样获得的呢，谢谢，请大佬不吝赐教

ONTHEWAY 发表于 Post on 2021-7-2 08:45:44

sobereva 发表于 2021-7-2 01:49
gromacs里必须设periodic-molecules = yes，这样才能跨越盒子判断成键项

好的谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2021-7-2 01:49:32

gromacs里必须设periodic-molecules = yes，这样才能跨越盒子判断成键项

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