求助 x2top生成SiO2基底拓扑文件的问题

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发布时间: 2021-7-2 08:59

1 请问用x2top生成拓扑文件时用不用 -nopbc 呢？（下面有我的SiO2基底图） 2 请问生成的拓扑文件中 bond pairs等这些funct 的值可以自己修改吗（就是把1改成2 这样的）（后面的参数不改 ...

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sobereva 发表于 Post on 2022-2-1 00:32:53

shizhao 发表于 2022-1-23 20:24
请问你使用的是什么力场处理SiO2的，gromos力场可以生成top吗

SiO2这种常见体系搜相关的模拟文献，能找到很多，里面都会提到参数

Lacrimosa 发表于 Post on 2022-1-31 12:10:34

shizhao 发表于 2022-1-23 20:24
请问你使用的是什么力场处理SiO2的，gromos力场可以生成top吗

gromos力场不能用于模拟二氧化硅的，可以用INTERFACEFF，如果用MS的话可以选COMPASS

shizhao 发表于 Post on 2022-1-23 20:24:42

请问你使用的是什么力场处理SiO2的，gromos力场可以生成top吗

ONTHEWAY 发表于 Post on 2021-7-3 14:06:01

sobereva 发表于 2021-7-3 03:01
有真空区的体系绝对不要用DispCorr

当前体系不要用Z方向控压，真空区都给你压没了

好的谢谢老师

ONTHEWAY 发表于 Post on 2021-7-3 14:05:07

sobereva 发表于 2021-7-3 03:00
1 你的体系是周期性的，当然不能写-nopbc

2 想改自己改就完了。但是不可能参数不变，你先看手册搞清楚fu ...

好的谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2021-7-3 03:01:24

ONTHEWAY 发表于 2021-7-2 09:18
然后跑模拟体系就会崩溃下面有我的mdp文件

有真空区的体系绝对不要用DispCorr

当前体系不要用Z方向控压，真空区都给你压没了

sobereva 发表于 Post on 2021-7-3 03:00:06

1 你的体系是周期性的，当然不能写-nopbc

2 想改自己改就完了。但是不可能参数不变，你先看手册搞清楚funct=1和funct=2各对应于什么函数形式的成键项、单位是什么。这两种函数形式差很大

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