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CP2K的pbs脚本提交问题

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stuy

发布时间: 2021-7-5 10:12

正文摘要:

老师们好，我在组里集群安装cp2k之后，发现在节点上直接提交任务可以运行，但是想用pbs脚本提交时，却提示有一个库找不到，不知道是哪里配置不对，具体问题请看下面贴图。 ↑.bashrc文件中有关cp2k的配置 ...

回复 Reply

learnerNONE 发表于 Post on 2021-8-12 18:47:49

stuy 发表于 2021-7-5 15:23
谢谢老师回复，这样修改还是不能消除报错

只要mpirun -np ${np} cp2k.popt -i Si_bulk8.inp试试， -o好像会出问题

abin 发表于 Post on 2021-7-5 17:48:45

stuy 发表于 2021-7-5 15:23
谢谢老师回复，这样修改还是不能消除报错

操作技能有待提升……

stuy 发表于 Post on 2021-7-5 15:23:17

abin 发表于 2021-7-5 11:29
bashrc中相关的设定，写在脚本中，取消在bashrc做设定。

谢谢老师回复，这样修改还是不能消除报错

stuy 发表于 Post on 2021-7-5 15:16:59

乐平发表于 2021-7-5 12:27
1. 没必要再 PBS 脚本文件中 source /home/zhangxx/.bashrc

2. PBS 脚本文件中：

感谢老师指点！按您的方法修改之后还是和以前一样报错，我再研究一下。

乐平 发表于 Post on 2021-7-5 12:27:09

1. 没必要再 PBS 脚本文件中 source /home/zhangxx/.bashrc

2. PBS 脚本文件中：
在 Intel 编译器相关的命令下一行添加
source /opt/software/cp2k-8.1/tools/toolchain/install/setup

同时，可以删除 ./bashrc 文件中的 “source /opt/software/cp2k-8.1/tools/toolchain/install/setup” 这一行
然后 source /home/zhangxx/.bashrc
当然，如果你希望以后能进入节点手动提交 cp2k 做测试，可以不用改这一行。

3. mpirun 这一行，建议写明 -i 和 -o
mpirun -np ${np} cp2k.popt -i Si_bulk8.inp -o Si_bulk8.out

abin 发表于 Post on 2021-7-5 11:29:44

bashrc中相关的设定，写在脚本中，取消在bashrc做设定。

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