白衣 发表于 2021-11-8 17:22
请问您是怎么解决的呀？

你用charmm-gui的membrane builder直接设置就好了

bingzan 发表于 2021-7-8 22:34
我发现了哈哈。
后来用genmixmem和charmm-gui都成功了，感谢指教！！！

请问您是怎么解决的呀？

我发现了哈哈。
后来用genmixmem和charmm-gui都成功了，感谢指教！！！

bingzan 发表于 2021-7-8 18:02
我明白了，十分感谢！我之前用的pdb含了几百个lipid，所以出错了。 现在我换成了只含一个lipid 的pdb，但 ...

不明白你为何还要用packmol，自己设置有一点不合理都可能很难收敛，用genmixmem就是为了克服packmol难收敛的问题。

lyj714 发表于 2021-7-8 13:08
第一个数字每一层的该磷脂数量，第二个数字指的参考原子编号，也就是pdb中该原子编号，用于定位用，也就是 ...

我明白了，十分感谢！我之前用的pdb含了几百个lipid，所以出错了。 现在我换成了只含一个lipid 的pdb，但是发现了另一个问题，这是我的input文件：
#
# Lipid double layer with water above and below
#

tolerance 2.0
filetype pdb
output bilayer.pdb

#first layer of water
structure water.pdb
  number 2000
  inside box 0. 0. 0. 72. 72. 25
end structure

#second layer of water
structure water.pdb
  number 2000
  inside cube 0. 0. 75. 72. 72. 100.
end structure

structure POPG.pdb
  number 127
  inside box 0. 0. 20. 70. 70. 50.
  atoms 67
    below plane 0. 0. 1. 25.
  end atoms
  atoms 1
    over plane 0. 0. 1. 48.
  end atoms
end structure

structure POPC.pdb
  number 134
  inside box 0. 0. 20. 70. 70. 50.
  atoms 70
    below plane 0. 0. 1. 25.
  end atoms
  atoms 1
    above plane 0. 0. 1. 48.
  end atoms
end structure

但是一直报错：ERROR: Packmol was unable to put the molecules         in the desired regions even without
         considering distance tolerances.
         Probably there is something wrong with
         the constraints, since it seems that
         the molecules cannot satisfy them at
         at all.
         Please check the spatial constraints and
         try again.
  >The maximum number of cycles (          80 ) was achieved.
   You may try increasing it with the nloop0 keyword, as in: nloop0 1000

拜托指教 感谢！！

第一个数字每一层的该磷脂数量，第二个数字指的参考原子编号，也就是pdb中该原子编号，用于定位用，也就是会以该原子来平移磷脂到之前设置的两个参考z值上。
输入的pdb必须是磷脂小分子，看你发的图有一万多个原子，明显你理解错误。