膜体系，想得到top文件，但显示atomtype CB没有怎么办？

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发布时间: 2021-7-9 12:19

各位老师好，我需要构建膜蛋白体系。先由CHARMM-GUI得到混合脂质的膜，然后我在pymol中，导入了我的两个蛋白和该混合脂质膜，得出了合并的pdb。加水后，我需要给该pdb加离子。这需要top文件，在用gmx pdb2gmx操作的 ...

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bingzan 发表于 Post on 2021-7-14 09:53:37

谢谢sob老师，后来检查发现确实没有。但是应该怎么解决呢？难道要人为加一个么。。

sobereva 发表于 Post on 2021-7-10 08:59:04

[atomtypes]里没有CB原子类型的定义，仔细检查

bingzan 发表于 Post on 2021-7-9 12:21:08

另外请问为了构建两个蛋白插入混合脂质膜的这个体系，我的操作： “在pymol中，导入了我的两个蛋白和该混合脂质膜，得出了合并的pdb。”是正确的吗？新手求教，感谢指导！！

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