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GFN1-xTB模拟熔体结构原子未发生移动

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nusiew

发布时间: 2021-7-10 22:02

正文摘要:

大家晚上好！为得到进行AIMD的预平衡初始构型，目前基于GFN1-xTB半经验方法，对建立的原子随机均匀分布熔体构型进行粗优化。体系含有Ca，Si，B，O在内的224个原子，模拟温度为2500k，步长1fs，跑了10000步，inp文件 ...

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nusiew 发表于 Post on 2021-7-12 11:09:46

本帖最后由 nusiew 于 2021-7-12 11:13 编辑

sobereva 发表于 2021-7-12 11:02
NGRIDS没必要设大。那种弥散特征较强的基组设大才可能提升速度

CUTOFF可以适当减小

谢谢sob老师。

sobereva 发表于 Post on 2021-7-12 11:02:45

nusiew 发表于 2021-7-12 10:59
谢谢sob老师。除了使用小的SZV基组之外，我是不是可以将EPS_SCF设的大一点，如1.0E-5；NGRIDS网格套数用 ...

NGRIDS没必要设大。那种弥散特征较强的基组设大才可能提升速度

CUTOFF可以适当减小

EPS_SCF可以适当放宽

热浴照常用CSVR就完了。时间常数可以适当设小令热浴效果强一些

nusiew 发表于 Post on 2021-7-12 10:59:12

sobereva 发表于 2021-7-11 13:08
别控压，就用基本合适的盒子在NVT下跑。原子不动可以试图把温度再升高诸如1000 K。就算GFN-xTB不理想也比随 ...

谢谢sob老师。除了使用小的SZV基组之外，我是不是可以将EPS_SCF设的大一点，如1.0E-5；NGRIDS网格套数用多一点，如5；CUTCOFF设置的小一点，如400。除此之外，我看到网上有说，为了较快达到预平衡，最重要的是要采用 massive thermostating，即REGION MASSIVE, 将TIMECON设置的小一点，如20。请问这样做是否合理呢？

sobereva 发表于 Post on 2021-7-11 13:08:21

别控压，就用基本合适的盒子在NVT下跑。原子不动可以试图把温度再升高诸如1000 K。就算GFN-xTB不理想也比随便搭的强

鉴于你这个体系并不很大，CP2K直接跑DFT的MD就完了，只是预平衡这种目的可以用很小的SZV基组。

nusiew 发表于 Post on 2021-7-11 12:42:10

get-it 发表于 2021-7-10 23:13
到底是没动还是动的幅度很小？
我的个人经验是xtb不适合算金属氧化物

请问除了GFN1-xTB，对于原子随机均匀分布的初始构型，还有哪些其他的粗优化方法呢？之前是想采用经典MD预平衡来着，结果发现缺少某些元素力场。

tjuptz 发表于 Post on 2021-7-11 11:15:24

get-it 发表于 2021-7-10 23:13
到底是没动还是动的幅度很小？
我的个人经验是xtb不适合算金属氧化物

赞同

get-it 发表于 Post on 2021-7-10 23:13:07

到底是没动还是动的幅度很小？
我的个人经验是xtb不适合算金属氧化物

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