求助：给优化完的超胞结构（.gro）加盒子时显示错误

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发布时间: 2021-7-10 22:29

想分析在GMX中优化后的超胞结构（em.gro）的a,b,c,α,β,γ,（长度+角度）的值，想通过pbc box 和 pbc get的命令来实现。但是输入命令pbc box 后，出现以下奇怪的图，盒子边界没有办法正好框住优化后的超胞。输入pbc ...

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sobereva 发表于 Post on 2021-7-12 12:45:40

不管模拟时用的是什么特征的盒子，出于效率的考虑， GROMACS内部计算时都是利用矩形盒子来考虑PBC，故产生的轨迹文件和结构文件也都是以矩形盒子的形式来记录粒子位置的。

不用管这个问题，只是视觉上的差异而已

小萌薇 发表于 Post on 2021-7-12 08:38:16

本帖最后由小萌薇于 2021-7-12 08:41 编辑

sobereva 发表于 2021-7-11 13:20
把gro文件压缩后上传
贴图时候必须交代每张图都是什么含义，不要让别人猜
gromacs在能量极小化的过程中不 ...

好的，谢谢老师提醒。以上贴的两幅图都是把em.gro文件导入VMD之后，加了 pbc box的命令看到的图。

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sobereva 发表于 Post on 2021-7-11 13:20:04

把gro文件压缩后上传
贴图时候必须交代每张图都是什么含义，不要让别人猜
gromacs在能量极小化的过程中不会改变盒子信息

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