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用Dmol3预测反应位点的问题?

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发布时间: 2015-12-22 03:00

正文摘要:

本帖最后由 minagami 于 2015-12-22 03:03 编辑 在http://sobereva.com/159《使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用》和http://sobereva.com/234里的《亲电取代反应中活性位点预测 ...

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minagami 发表于 Post on 2015-12-23 14:48:02
卡开发发 发表于 2015-12-23 14:29
一般比较关注导带底和价带顶以及Gamma,看你需要分析什么了

多谢你的解答!
卡开发发 发表于 Post on 2015-12-23 14:29:54
minagami 发表于 2015-12-23 13:09
那么在check2xsf里我们是应该用高对称性的k点进行分析吗?比如取Gamma点。

一般比较关注导带底和价带顶以及Gamma,看你需要分析什么了

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minagami 发表于 Post on 2015-12-23 13:09:02
本帖最后由 minagami 于 2015-12-23 13:13 编辑

那么在check2xsf里我们是应该用高对称性的k点进行分析吗?比如取Gamma点。
卡开发发 发表于 Post on 2015-12-23 13:03:05
minagami 发表于 2015-12-23 12:29
那最终结果应当是各个k点的波函数在空间中分布的加权平均吗?

不是,各是各的
minagami 发表于 Post on 2015-12-23 12:29:46
卡开发发 发表于 2015-12-23 12:19
对,其他k点应当导出对应的波函数才行,这个在vasp也是一样的。

那最终结果应当是各个k点的波函数在空间中分布的加权平均吗?
卡开发发 发表于 Post on 2015-12-23 12:19:32
minagami 发表于 2015-12-23 11:55
你是指选取不同的k点的数据来分析会得到不同的结果吗?我只知道k点是取样点,但是不知道具体是对什么的采 ...

对,其他k点应当导出对应的波函数才行,这个在vasp也是一样的。
minagami 发表于 Post on 2015-12-23 11:55:43
卡开发发 发表于 2015-12-23 06:45
最多也就能显示一下周期体系的价带顶和导带底的波函数或者对密度做做AIM,ELF用CASTEP本身可以做。

固 ...

你是指选取不同的k点的数据来分析会得到不同的结果吗?我只知道k点是取样点,但是不知道具体是对什么的采样,难道是每个k点都对于着不同的波函数在空间中的分布?在http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=5406515里作者是取Gamma点进行分析的,那如果没有k点中没包括Gamma有怎么办呢?
卡开发发 发表于 Post on 2015-12-23 06:45:49
minagami 发表于 2015-12-23 00:44
我把check2xsf编译成功了,不过似乎还是没办法用Multiwfn帮助分析orz
参考了小木虫的这个帖子http://emu ...

最多也就能显示一下周期体系的价带顶和导带底的波函数或者对密度做做AIM,ELF用CASTEP本身可以做。

固体当中,态的指标和k还相关。
minagami 发表于 Post on 2015-12-22 22:58:35
卡开发发 发表于 2015-12-22 22:35
试试这个http://www.tcm.phy.cam.ac.uk/sw/check2xsf/

噢噢噢,竟然还真有这种程序。多谢推荐,我有空的时候试一试。
卡开发发 发表于 Post on 2015-12-22 22:35:08
minagami 发表于 2015-12-22 22:23
CASTEP的波函数信息大概是在二进制的check还是orbitals文件里?不过感觉难对其进行进一步分析利用。如果 ...

试试这个http://www.tcm.phy.cam.ac.uk/sw/check2xsf/

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minagami 发表于 Post on 2015-12-22 22:23:49
卡开发发 发表于 2015-12-22 18:59
三个基矢相互不正交,放到直角坐标和坐标轴不重合。

密度能分析的东西太有限了。CASTEP好像有工具可以 ...

CASTEP的波函数信息大概是在二进制的check还是orbitals文件里?不过感觉难对其进行进一步分析利用。如果有相应工具导出的话那就方便多了。
卡开发发 发表于 Post on 2015-12-22 18:59:07
minagami 发表于 2015-12-22 18:46
原来如此。非正交的体系是指晶轴不在坐标轴上的体系吗?看来想处理grd文件也不容易呀。

三个基矢相互不正交,放到直角坐标和坐标轴不重合。

密度能分析的东西太有限了。CASTEP好像有工具可以导出波函数,原则上可以作进一步分析,但是这个我没弄过。
minagami 发表于 Post on 2015-12-22 18:48:26
sobereva 发表于 2015-12-22 16:16
Fukui函数属于概念密度泛函里的东西,比起只考虑前线轨道的FMO理论,Fukui函数可靠性更高,虽然多数情况结 ...

多谢解答~
我会再仔细读读那篇《亲电取代反应中活性位点预测方法的比较》的。

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