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求助有关蛋白-配体分子动力学后VMD显示结构时的问题

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5撇到3撇

发布时间: 2021-7-12 23:39

正文摘要:

刚刚接触gromacs，最近拿了一个之前做分子对接的结果跑了30ns，配体是一个含磷的药物分子。用VMD检查轨迹的时候发现，C-P键都断开了（图1），但是在pymol里打开md_0_1.gro小分子是完整的（图2），想请教一下老师可能 ...

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5撇到3撇 发表于 Post on 2021-7-13 22:46:32

sobereva 发表于 2021-7-13 16:09
VMD对成键的判断问题。距离太远没当成成键
1 仔细看
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题

好的，谢谢老师！我再看看。

sobereva 发表于 Post on 2021-7-13 16:09:39

VMD对成键的判断问题。距离太远没当成成键
1 仔细看
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html）
模拟没有必然不合理的地方

2 一个视角看不清楚。仔细检查力场参数合理性

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