hhhhhwaaa 发表于 2026-1-22 16:48
钟老师，您好，我在使用参数转移功能时，能看到你的教程里面的输出，但是我发现top文件和pdb文件都没有更新 ...

此问题已解决，在转移参数的命令加上-o 就会有转移完参数的文件生成了

钟老师，您好，我在使用参数转移功能时，能看到你的教程里面的输出，但是我发现top文件和pdb文件都没有更新，怎么确定参数转移已经成功了呢？

使用ztop进行参数转移保存时会出现下面warnings和error报错：

1. label          formula sites
   
2.     H  xxx   
   
3. //app/anaconda3.0/envs/amber/lib/python3.10/site-packages/parmed/gromacs/gromacstop.py:1124: GromacsWarning: 76 1-4 pairs were missing from the [ pairs ] section and were set to zero; make sure you know what you're doing!
   
4.   warnings.warn('%i 1-4 pairs were missing from the [ pairs ] ')
   
5. 
   
6. Traceback (most recent call last):
   
7.   File "//../coordmagic/ztop.py", line 370, in <module>
   
8.     pr.ps.save(f,overwrite=True,**options)
   
9.   File "//app/anaconda3.0/envs/amber/lib/python3.10/site-packages/parmed/structure.py", line 1548, in save
   
10.     s = gromacs.GromacsTopologyFile.from_structure(self)
    
11.   File "//app/anaconda3.0/envs/amber/lib/python3.10/site-packages/parmed/gromacs/gromacstop.py", line 226, in from_structure
    
12.     scee_values.add(1/adjust.type.chgscale)
    
13. ZeroDivisionError: float division by zero

复制代码

经检查发现是由于连接处产生了新的1-4相互作用对，但是`[ pairs ]`里没有更新。
目前的解决方法是：`--saveinfo d`产生要转移的csv二面角，新产生的二面角为缺失的1-4相互作用， 改成 `atom1 atom4 1`的形式，加入到a.top的[ pairs ]。

想请问大家使用过程中是否也遇到这个问题呢，这样解决是否可行。

boqiang 发表于 2025-6-26 16:01
不太理解为什么要切C-F键，尝试了一下，得不到想要的结构，反而是A1H与A1T有连接，我的目的是两端的C-H按 ...

按照这个方法，先定义头和尾，中间定义两端C-H，可以实现，感谢。

ggdh 发表于 2025-6-13 21:17
因为A1 只能和A1 连， A2 只能和A2 连，所以会连成你这样
你这个利益，应该用首先定义头位基团（H和T)， ...

不太理解为什么要切C-F键，尝试了一下，得不到想要的结构，反而是A1H与A1T有连接，我的目的是两端的C-H按顺序连接，跟C-F没有关系， 即A1-A2-A1-A2-A1-A2...这样的顺序，而不是A1-A2-A2-A1-A1-A2....

老师，您好，我想构造如图所示的支化结构，其中数字表示个数，A,B分别为两种基团。我在构造的过程中，总会报错。这个是我的输入指令，“ztop.py --loadlib -b S[KIGIGIGIGd]3[KIGIGIGJMS[KIGIGIGIGd]2[KIGIGIGIQNS[KIGIGIGIGd]3]]1 -o Sp3.top,Sp3.pdb”，因为支化中结构含有支化结构，这就意味着括号包含括号，是否指令不能这么进行使用或者不能进行这么构造？

boqiang 发表于 2025-6-9 16:27
关于接口随机匹配问题，是否可以指定连接规则。
1. 比如，结构: CH3CHF2（如图1），接口分别为A1,A2，
2. ...

因为A1 只能和A1 连， A2 只能和A2 连，所以会连成你这样
你这个利益，应该用首先定义头位基团（H和T)，
头基团F那边切断（切C-F键），位点定义位A1T
中间基团，位点定义位A1H （切C-H键），A1T（切C-F)
尾部定义一个基团A1H （切C-H键），
这种情况下A1T只能和A1H连，（规则逻辑是避免位点最后一位字母重复，比如H和H不能连）
最后链接的操作是-b H[P]8T
注意去gitee更新最新版本的ztop

关于接口随机匹配问题，是否可以指定连接规则。
1. 比如，结构: CH3CHF2（如图1），接口分别为A1,A2，
2. 把CH2(看成A），C2F2（看成B），构建聚合度为10的聚合物时，连接方式是A-B-B-A-A-B..方式，不是按顺序A-B-A-B-A-B..的方式进行（如图2）；


处理命令如下：
ztop.py -f "P;p=AAA.top;x=AAA.gro;site=A1:3-4,A2:5-6;resname=ABC;comment=test" --savelib
ztop.py --loadlib -b [P]10

消除净电荷 记得加--total_charge 0  


-----------发自我的手机

期待老师能出一个含随机函数的，方便构建无规共聚

老师，10.接口参数处理，以及电荷处理中  提到【这个电荷调整会输出在屏幕上】，我的好像看不到，是bug还是调整了呢
site-pair to connect is H1-P1, Left site: P2_1
site-pair to connect is P2_1-A21, Left site: A22_2
....
site-pair to connect is D11_40-P1, Left site: P2_41
site-pair to connect is P2_41-T2, Left site:
HP[APDP]10T build susscessful
_________________
答：看帮助ztop.py --help
有个选项--total_charge 0 可以把净电荷调为0

neocc 发表于 2022-12-8 01:29
老师您的例子里面切出的非头尾单元都是中心或者镜面对称的结构吧。如果想做聚乙烯醇长链的话需要怎么办呢？ ...

您好，分享一下我的想法，不知可行否
【4.连接位点命名和连接规则 a.第一个字符通常和片段的标签一致，不用来匹配连接位点】文中说通常一样，但是好像也可以不一样，比如【d.比如一个片段上有位点A1，A2，另外一个片段上有位点A1，B2，】，出现了两个不同字母，所以
非对称结构，切片后直接命名为A1，B1，根据【第一个字符不同的优先度更高】，程序运行时应该会形成A1B1A1B1结构吧
————————————更新
实测可行

821533922 发表于 2023-11-30 21:45
按照例子处理，却一直报错，不知道是哪里安装出了问题

目前重新下载应该没有我问题了，还有问题直接加我qq说

钟老师，我按照您的步骤安装和跑例子报错了，是不是更新的问题