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acpype.py处理生成resp电荷的imp报错,观察原因是如图所示,但是我不知道怎么修改

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发布时间: 2021-7-13 22:17

正文摘要:

acpype报错信息见图 可以处理的mol2 和 不可以处理的mol2分子都已经上传图片清楚表示两者区别。 仔细翻看实验步骤,发现这种差异是高斯计算后造成,请问有什么办法可以修改mol2文件让acpype可以识别吗?

回复 Reply

崔智勇 发表于 Post on 2021-7-18 21:02:34
sobereva 发表于 2021-7-14 15:35
绝对不要把该体现在帖子内容里的信息只体现在帖子标题里,“生成resp电荷的imp报错”完全没说清楚是怎么回 ...

好的老师! 下次我注意!
sobereva 发表于 Post on 2021-7-14 15:35:56
绝对不要把该体现在帖子内容里的信息只体现在帖子标题里,“生成resp电荷的imp报错”完全没说清楚是怎么回事,imp是什么鬼,谁也不知道你怎么产生的RESP电荷。

“这种差异是高斯计算后造成”完全语义不明。用下文的脚本进行计算,输入脚本的文件根本就不会被修改,什么“差异”都不知道你在说什么
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本(一行命令就算出结果)
http://sobereva.com/476http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html

“仔细翻看实验步骤”哪来的实验,明明是纯计算

不要在标题里写什么“观察原因是如图所示”,别人光看标题的时候根本看不到图


提问时要认真组织好语言,拿出写论文一样的严谨态度



崔智勇 发表于 Post on 2021-7-14 15:34:13
lyj714 发表于 2021-7-13 22:32
用最新版本的acpype.py脚本啊 https://github.com/alanwilter/acpype,根本就不需要修改任何东西。

请问您的,amber和ambertool是什么版本的? 我这里还是不成功,报错信息一摸一样
lyj714 发表于 Post on 2021-7-13 22:32:18
本帖最后由 lyj714 于 2021-7-13 22:35 编辑

用最新版本的acpype.py脚本啊 https://github.com/alanwilter/acpype,根本就不需要修改任何东西。


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