gromacs 报错 cut-off比盒子矢量的一半要长

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发布时间: 2021-7-14 19:17

本帖最后由 UPC-Ning 于 2021-7-15 09:19 编辑各位老师好，我在运行grompp指令时报错发生在 [file test1.top,line 33]，cut-off比盒子矢量的一半要长，可是.top文件内并未设置cutoff，应该如何修改呢？望各位老 ...

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UPC-Ning 发表于 Post on 2021-7-15 15:11:32

sobereva 发表于 2021-7-15 12:39
你的pdb文件里没有盒子信息（CRYST1字段），所以才以为cutoff小于盒子的一半

谢谢sob老师提醒！

sobereva 发表于 Post on 2021-7-15 12:39:56

UPC-Ning 发表于 2021-7-15 09:20
上传完毕了sob老师

你的pdb文件里没有盒子信息（CRYST1字段），所以才以为cutoff小于盒子的一半

UPC-Ning 发表于 Post on 2021-7-15 09:20:38

sobereva 发表于 2021-7-14 23:17
test1.pdb也上传

上传完毕了sob老师

sobereva 发表于 Post on 2021-7-14 23:17:28

test1.pdb也上传

UPC-Ning 发表于 Post on 2021-7-14 23:04:22

sobereva 发表于 2021-7-14 22:28
上传top、itp、mdp文件

sob老师我已重新编辑并上传了您提到的文件，其中三个分子.itp均由ATB产生并用packmol创建了10nm*10*10的盒子。.mdp文件自己为自己手写，力场也引用了ATB中所提供的力场信息。再次感谢sob老师的指点

sobereva 发表于 Post on 2021-7-14 22:28:18

上传top、itp、mdp文件

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