k64_cc 发表于 2021-8-25 14:03 没明白  不过还是谢谢您 这个问题好像确实也没什么意义，我先跳过这个吧 |
gongrehk 发表于 2021-8-24 17:45 你要是能把长程部分给分解了，可以考虑拿出来单发一个JCP。 |
k64_cc 发表于 2021-8-23 19:39 - gaussian charge + gaussian charge的结果不就相抵消了吗，那这样的话短程部分加上长程部分的结果不还是point charge的贡献吗? |
本帖最后由 k64_cc 于 2021-8-23 19:46 编辑 gongrehk 发表于 2021-8-23 18:30 Ewald sum可以理解为 point charge - gaussian charge + gaussian charge ， 其中前两项加一起是Ewald sum的短程部分，最后一项是长程部分。能量分解要的是point charge的贡献，不需要 - gaussian charge部分，所以Ewald sum短程部分直接拿来用不很恰当。如果只想要point charge部分，那最简单的方法显然是rerun了。 |
k64_cc 发表于 2021-7-15 20:53 前辈能详细说一下为什么需要改用Cut-off吗？最近碰到了这个问题。 PME的短程是原电荷(ri)和screening charge产生的电势是吗？这部分衰减很快，可以视为短程部分。 倒易空间内的是cancelling charge产生的，是长程部分。 但是这个过程也是计算了原电荷(ri)处的静电势能啊，对于一个分子来说加和这部分不就是该分子的静电势能了吗？为什么能量分解处会有困扰呢?真的很好奇这个问题。 |
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好的 谢谢老师 非常感谢！ |
gongrehk 发表于 2021-7-19 13:44 是 |
gongrehk 发表于 2021-7-19 13:40 看具体水模型 常见的水模型对H都没定义LJ参数，但某些水模型比如CHARMM TIP3P对H也有LJ参数，此时有“水分子1的O原子与水分子2之间的H原子之间的L-J势” |
agent99 发表于 2021-7-18 15:04 是的 我了解到的SPC，SPC／E，TIP３，TIP4都不考虑H原子的L-J项。不过在蛋白质溶液体系中，水分子的H原子与蛋白质分子的L-J也是直接忽略的吗? |
sobereva 发表于 2021-7-18 01:32 谢谢老师！ 是的。 这是指分子内的非键相互作用是吧？不过分子间的比如说水分子1的O原子与水分子2之间的H原子之间的L-J势也不考虑的吗? 在蛋白质溶液体系中，水分子的H原子与蛋白质分子的L-J也是直接忽略的吗?难道只是采用combining rule 计算O原子的吗？这个问题挺困惑  |
gongrehk 发表于 2021-7-16 01:29 我知道的水模型里，H原子都是没有L-J项的 |
gongrehk 发表于 2021-7-16 15:29 看分子的[moleculetype]里定义的nrexcl。nrexcl=n表示不计算n个键相连的原子间非键作用，一般为3，所以不会计算直接相连的原子间的非键作用 |
本帖最后由 gongrehk 于 2021-7-16 15:30 编辑 agent99 发表于 2021-7-15 23:49 嗯嗯 明白了！柔性SPC模型会有O–H stretching产生的自身的势能。 GMX rerun可以计算目标分子的势能，不过我想了解的是Gromacs是如何计算的势能。比如说L-J势，Gromacs运算过程中是否考虑O-H原子对之间的L-J势能，考虑的话L-J势涉及的两个参数是多少呢？我只找到了O-O原子对的参数。 谢谢！ |
gongrehk 发表于 2021-7-15 07:32 如果你的水模型是柔性的，它在模拟过程中偏离平衡构象就会有U(A)。用SPC/E的话不存在这个情况 |
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