求助GROMACS添加力的操作

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发布时间: 2021-7-15 16:30

您好，我需要给一个聚偏氟乙烯薄膜右1/2部分施加一个恒定力，左1/2部分固定不动，我知道在LAMMPS中的操作过程，但是刚接触GROMACS，可以麻烦您给我说一下添加力的思路吗？非常感谢您的帮助。

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JCenter 发表于 Post on 2024-7-16 22:28:47

sobereva 发表于 2021-7-15 16:46
把右边的分子定义为一个group，mdp里设置acc-grps为这个组，accelerate设置施加的加速度的矢量，等同于施加 ...

老师，使用acc-grps做NEMD时，粒子设立加速度后，其加速组质心产生的动能对体系的动能和温度做了一部分贡献，那如何修正体系的动能和温度呢。如果是将加速组单独设组控温，假设298K，那加速度导致的速度增加如何与所控的温度平衡呢

1971806673 发表于 Post on 2021-7-16 15:59:24

好嘞，谢谢老师的帮助。

sobereva 发表于 Post on 2021-7-16 15:08:22

1971806673 发表于 2021-7-15 17:06
好嘞，谢谢老师，老师，如果我想让左边1/2部分固定的话，是不是把左边1/2部分的原子设定为冻结组？

是

1971806673 发表于 Post on 2021-7-15 17:06:28

sobereva 发表于 2021-7-15 16:46
把右边的分子定义为一个group，mdp里设置acc-grps为这个组，accelerate设置施加的加速度的矢量，等同于施加 ...

好嘞，谢谢老师，老师，如果我想让左边1/2部分固定的话，是不是把左边1/2部分的原子设定为冻结组？

sobereva 发表于 Post on 2021-7-15 16:46:16

把右边的分子定义为一个group，mdp里设置acc-grps为这个组，accelerate设置施加的加速度的矢量，等同于施加外力

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