非周期条件下优化Si出现错误

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发布时间: 2021-7-18 15:04

用mutiwfn生成的cp2k输入文件，选择DZVP-MOLOPT-SR-GTH基组和PBE泛函并加入了D3修正，初始结构为Si的2x2x2超胞，周期性设置为NONE，其他参数按推荐设置。优化后Si原子完全打乱。周期条件

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jackxws 发表于 Post on 2021-7-19 09:16:14

get-it 发表于 2021-7-19 04:06
你听说过Si(111)表面的7x7重构么
https://nanowiz.tripod.com/sisteps/si111.htm

最近正在调研Si表面重构的相关文献，感谢老师指点！

jackxws 发表于 Post on 2021-7-19 09:13:47

sobereva 发表于 2021-7-19 02:33
GFN-FF是非反应力场，成键关系一开始就确定了然后就不变了，本该出现的表面重构也都表现不出来

这种大小 ...

了解了，谢谢老师！

get-it 发表于 Post on 2021-7-19 04:06:03

sobereva 发表于 Post on 2021-7-19 02:33:51

GFN-FF是非反应力场，成键关系一开始就确定了然后就不变了，本该出现的表面重构也都表现不出来

这种大小体系对于CP2K来说用纯泛函优化根本没压力，完全没必要折腾更廉价方法

jackxws 发表于 Post on 2021-7-18 23:56:12

wzkchem5 发表于 2021-7-18 19:58
必须先确定真实的表面不会变形，才能说变形是错的。
半经验计算虽然不太靠谱，但是很多时候比你自己的化 ...

我之前单独计算了下硅基底，但是发现在只有XY周期的情况下，硅也会在Z方向表面发生形变，方法都是相同的，而且用力场算的话，就不会有大的形变，所以才怕可能模型或者参数什么的弄错了。老师可以参考我上一条回帖，里面放了图片，描述会比较清楚一点。

wzkchem5 发表于 Post on 2021-7-18 19:58:25

jackxws 发表于 2021-7-18 11:31
感谢指点！我是个初学者，实际是想做一个界面吸附模型的动力学，但进行半经验计算时，硅基底总是无法正确 ...

必须先确定真实的表面不会变形，才能说变形是错的。
半经验计算虽然不太靠谱，但是很多时候比你自己的化学直觉靠谱，半经验算出来和你预期的有定性不同，应该先去排查是不是自己预期的有问题，哪怕你对你的预期再怎么确定也是如此。

sobereva 发表于 Post on 2021-7-18 19:23:51

jackxws 发表于 2021-7-18 18:31
感谢指点！我是个初学者，实际是想做一个界面吸附模型的动力学，但进行半经验计算时，硅基底总是无法正确 ...

表层原子变型那是再正常不过的表面重构现象

看此文里IRI分析硅表面的例子，搞懂表面重构
使用IRI方法图形化考察化学体系中的化学键和弱相互作用
http://sobereva.com/598（http://bbs.keinsci.com/thread-23457-1-1.html）

jackxws 发表于 Post on 2021-7-18 18:31:17

wzkchem5 发表于 2021-7-18 16:48
算非周期性体系不是简单地切出一个超胞然后去掉周期性条件就能算的，需要对边界做特殊处理。参见http://sob ...

感谢指点！我是个初学者，实际是想做一个界面吸附模型的动力学，但进行半经验计算时，硅基底总是无法正确模拟，表层原子会变形，所以想看看直接计算硅晶体会有什么结果，现在看来应该是建模的问题

get-it 发表于 Post on 2021-7-18 17:21:30

迷惑行为

wzkchem5 发表于 Post on 2021-7-18 16:48:32

算非周期性体系不是简单地切出一个超胞然后去掉周期性条件就能算的，需要对边界做特殊处理。参见http://sobereva.com/540

Penson 发表于 Post on 2021-7-18 15:26:09

做这种非周期性优化是想用来干嘛呢？

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