求助gmx-select -olt x.xvg 输出的文件是滞留时间吗

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发布时间: 2021-7-20 09:10

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cyx8 发表于 Post on 2023-11-15 16:32:08

您好，请问您“计算体系中在某一位置的离子在轨迹中的滞留时间”这个问题解决了吗？可以分享一下具体计算方法吗

灵芝5 发表于 Post on 2023-4-12 19:44:53

Riddermark 发表于 2021-8-12 08:31
那再请教一下老师，既然是粒子数，那为什么会有小数点呢，是不是这个数值是基于整个模拟时间的平均值哇

请问这个问题解决了吗？我也想计算体系中在某一位置的离子在轨迹中的滞留时间？
请问老师您有计算的方法吗？

Riddermark 发表于 Post on 2021-8-12 08:31:03

sobereva 发表于 2021-8-12 01:51
是
但不是说“持续1 ps在区域的分子有284个”。就算数目不变也并不能证明当前的还是之前的那些分子。

那再请教一下老师，既然是粒子数，那为什么会有小数点呢，是不是这个数值是基于整个模拟时间的平均值哇

sobereva 发表于 Post on 2021-8-12 01:51:46

Riddermark 发表于 2021-8-11 09:24
请教一下卢老师，这个lifetime的意思是说持续处于被选择区域的分子的时间分布吗？类似于就是持续1 ps在区 ...

是
但不是说“持续1 ps在区域的分子有284个”。就算数目不变也并不能证明当前的还是之前的那些分子。

Riddermark 发表于 Post on 2021-8-11 09:24:02

sobereva 发表于 2021-7-21 03:34
体现能滞留>=特定时间（x轴）的选中区域里的粒子数（y轴）

请教一下卢老师，这个lifetime的意思是说持续处于被选择区域的分子的时间分布吗？类似于就是持续1 ps在区域的分子有284个？

sobereva 发表于 Post on 2021-7-21 03:34:30

体现能滞留>=特定时间（x轴）的选中区域里的粒子数（y轴）

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