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xTB程序使用GFNFF力场进行MD时报错

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jackxws

发布时间: 2021-7-20 12:34

正文摘要:

程序为独立的xTB程序，使用GFNFF力场进行OPT时一切正常，把优化结果拿来进行MD时出现如下错误：

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jackxws 发表于 Post on 2021-7-22 16:08:02

sobereva 发表于 2021-7-22 00:48
你当前是跑一个新的任务，又不是要续算，写restart=true毫无意义
如果不考虑周期性，就没有任何理由用CP ...

好的，我的体系不特别需要考虑周期性，用xtb独立程序比较方便快速

jackxws 发表于 Post on 2021-7-22 16:06:02

wzkchem5 发表于 2021-7-21 15:41
xtb是OpenMP并行的，核数太多了并行效率不好，甚至反而可能拖慢计算。你可以试试把400个核换成24个核再比

好的我试试看

sobereva 发表于 Post on 2021-7-22 00:48:54

jackxws 发表于 2021-7-21 10:08
真的可以算了！老师太神了！restart是要多写入一个文件，所以出了写入错误吧，xTB现在不支持restart吗。
...

你当前是跑一个新的任务，又不是要续算，写restart=true毫无意义
如果不考虑周期性，就没有任何理由用CP2K的GFN-xTB，毕竟xtb是专门给GFN-xTB计算设计的

wzkchem5 发表于 Post on 2021-7-21 15:41:07

jackxws 发表于 2021-7-21 03:08
真的可以算了！老师太神了！restart是要多写入一个文件，所以出了写入错误吧，xTB现在不支持restart吗。
...

xtb是OpenMP并行的，核数太多了并行效率不好，甚至反而可能拖慢计算。你可以试试把400个核换成24个核再比

jackxws 发表于 Post on 2021-7-21 10:08:06

sobereva 发表于 2021-7-21 03:07
去掉restart=true，至少 xtb 6.3.2能正常跑

真的可以算了！老师太神了！restart是要多写入一个文件，所以出了写入错误吧，xTB现在不支持restart吗。

另外，我发现做优化的时候，用cp2k的gfn-xtb优化3000多原子的体系近400个核用了将近一天，但是用xTB独立程序优化24核只用了不到一小时（虽然后面失败了），这效率差距也太大了

sobereva 发表于 Post on 2021-7-21 03:07:42

去掉restart=true，至少 xtb 6.3.2能正常跑

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