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Bodipy类分子结构优化问题

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发布时间: 2021-7-20 17:13

正文摘要:

对于Bodipy类分子,初始结构改怎么弄呢? 我看了之前的帖子,Sob老师提到在Multiwfn手册里4.11.11节有关于Bodipy的绘图,我看了输入文件,如果以BODIPY_S1_opt.gjf里的坐标来计算,得到的结果是和Sob老师计算的一样 ...

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anlancx 发表于 Post on 2021-7-30 14:45:42
wzkchem5 发表于 2021-7-26 14:37
这个方法不是每次都能保证成功,所以不要试了一次就放弃。
首先,拉到底所代表的扰动大小是可以调节的, ...

谢谢老师!
喵星大佬 发表于 Post on 2021-7-26 15:51:14
你自己再掰平一点优化咯

202107261551113481..png (40.8 KB, 下载次数 Times of downloads: 38)

202107261551113481..png
wzkchem5 发表于 Post on 2021-7-26 14:37:57
anlancx 发表于 2021-7-26 04:58
这个方法我也试了,我把箭头拉到底了,然后一优化,又重新会到很平面的结构,但这个结构显然不是平面的

这个方法不是每次都能保证成功,所以不要试了一次就放弃。
首先,拉到底所代表的扰动大小是可以调节的,你可以扰动得再多一些,或者扰动得少一些也可以试(有时候扰动太大可能适得其反)。其次,扰动以后优化的步长可以设小一些
anlancx 发表于 Post on 2021-7-26 14:07:02
pwzhou 发表于 2021-7-26 13:12
大致看了下,大概是你的初始构型的对称性太好了导致的,你可以看到sob的初始构型和最后的构型都不对称, ...

谢谢老师,我试一下
pwzhou 发表于 Post on 2021-7-26 13:12:16
anlancx 发表于 2021-7-26 11:58
这个方法我也试了,我把箭头拉到底了,然后一优化,又重新会到很平面的结构,但这个结构显然不是平面的

大致看了下,大概是你的初始构型的对称性太好了导致的,你可以看到sob的初始构型和最后的构型都不对称,你尝试随机调整几组两边对称的键长,比如把其中一个B-N键调整一下长度,不要让两个一样长,同样的再调整两到三个键长,再优化试试。
anlancx 发表于 Post on 2021-7-26 11:58:43
wzkchem5 发表于 2021-7-21 15:27
“有时候虚频是由于优化所用的初始结构对称性太高导致的。比如联苯在基态下实际上两个苯环间是有一定二面 ...

这个方法我也试了,我把箭头拉到底了,然后一优化,又重新会到很平面的结构,但这个结构显然不是平面的
wzkchem5 发表于 Post on 2021-7-21 15:27:45
本帖最后由 wzkchem5 于 2021-7-21 08:29 编辑
anlancx 发表于 2021-7-21 04:20
谢谢老师提醒,我参照278这篇帖子,各种提到的方法都试过了,结构优化之后依然存在虚频。

不知道Sob老 ...

有时候虚频是由于优化所用的初始结构对称性太高导致的。比如联苯在基态下实际上两个苯环间是有一定二面角的,但优化联苯所用的初始结构如果是纯平面的,则优化过程就会一直保持平面状态,最终也得到平面构型,显然会发现有对应于两个平面彼此间扭转的虚频。碰到这种情况,最佳的解决方法是在gview观看振动模式的界面中选中虚频模式,选上Manual Displacement并拉动滑条来沿着虚频模式略微调整结构,然后点save structure得到新的结构,再拿这个新结构保存新的输入文件,重新优化和做振动分析后通常就已经没虚频了。”这个也试了吗?如果试了仍然不行,那就在“选上Manual Displacement并拉动滑条”这一步拉得远一些

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smooth85 发表于 Post on 2021-7-21 15:22:18
先用低精度的方法做个预优化,没有虚频的话,再使用现有方法优化一次,一般都不会有虚频。
即便有虚频,可以用Gview调整结构以后再优化。
anlancx 发表于 Post on 2021-7-21 15:05:34
tiandikuoyuan 发表于 2021-7-21 14:57
你现在优化的是激发态,你先优化基态

我上传的文件是优化的激发态,优化基态我也做了,无甚效果。
tiandikuoyuan 发表于 Post on 2021-7-21 14:57:32
anlancx 发表于 2021-7-21 13:18
就是在优化基态结构,怎么搞都存在虚频

你现在优化的是激发态,你先优化基态
anlancx 发表于 Post on 2021-7-21 13:18:37
tiandikuoyuan 发表于 2021-7-21 13:00
你要不先优化下基态结构,再去优化激发态结构

就是在优化基态结构,怎么搞都存在虚频
tiandikuoyuan 发表于 Post on 2021-7-21 13:00:52
你要不先优化下基态结构,再去优化激发态结构
anlancx 发表于 Post on 2021-7-21 11:20:32
wzkchem5 发表于 2021-7-20 22:21
Full mass-weighted force constant matrix:
Low frequencies --- -634.1816  -10.3054   -8.2406   - ...

谢谢老师提醒,我参照278这篇帖子,各种提到的方法都试过了,结构优化之后依然存在虚频。

不知道Sob老师当时这个结构是怎么得到的。@sobereva
wzkchem5 发表于 Post on 2021-7-20 22:21:08
anlancx 发表于 2021-7-20 14:31
不好意思老师,我把情况说清楚,我和Sob老师计算的是一个结构。具体输入和输出文件如下:只是gjf文件里初 ...

Full mass-weighted force constant matrix:
Low frequencies --- -634.1816  -10.3054   -8.2406   -5.3054   -0.0012   -0.0010
Low frequencies ---   -0.0009   51.0349  107.6591
******    1 imaginary frequencies (negative Signs) ******

你看到输出文件的这几行字就应该知道,你的结构有虚频,必须先消虚频才能做后面的计算。参见http://sobereva.com/278

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