计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › 请教一下大家通过acpype得到的新pdb文件能直接用于GROMA ...

请教一下大家通过acpype得到的新pdb文件能直接用于GROMACS嘛

查看数: 14056 | 评论数: 9 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

帖子模式

xryao

发布时间: 2021-7-20 19:20

正文摘要:

本帖最后由 xryao 于 2021-7-20 19:21 编辑利用Gaussview建立的mol2文件导入到acpype中得到基于GAFF力场的_NEW.pdb,_GMX.gro,_GMX.itp,_GMX.top文件,利用该_NEW.pdb文件运行如下gmx pdb2gmx -f dipeptide_NE ...

回复 Reply

xryao 发表于 Post on 2021-8-15 22:08:55

sobereva 发表于 2021-8-12 05:03
gview直接建模产生的pdb文件里的原子名和IUPAC标准定义不符，pdb2gmx没法认

有很多专门的通过序列构建 ...

好的谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2021-8-12 05:03:48

xryao 发表于 2021-7-24 13:24
用Gaussiview转pdb格式没法直接用于GROMACS

gview直接建模产生的pdb文件里的原子名和IUPAC标准定义不符，pdb2gmx没法认

有很多专门的通过序列构建蛋白质结构的工具，原子名都是符合标准的

xryao 发表于 Post on 2021-7-24 13:57:10

naoki 发表于 2021-7-24 13:42
建议你去看看标准pdb格式长啥样，再看看gaussview转出来是啥样，动动手就能改好。
懒得改建议用openbabe ...

好的谢谢你

naoki 发表于 Post on 2021-7-24 13:42:33

xryao 发表于 2021-7-24 13:24
用Gaussiview转pdb格式没法直接用于GROMACS

建议你去看看标准pdb格式长啥样，再看看gaussview转出来是啥样，动动手就能改好。
懒得改建议用openbabel转格式

xryao 发表于 Post on 2021-7-24 13:24:43

naoki 发表于 2021-7-24 13:15
你的二肽是啥文件啊，mol2吗？用gview、VMD之类的可视化软件基本都能另存为pdb格式，openbabel也可以转

用Gaussiview转pdb格式没法直接用于GROMACS

naoki 发表于 Post on 2021-7-24 13:15:30

xryao 发表于 2021-7-24 11:37
老师，“二肽属于蛋白质一类，用生物分子力场通过pdb2gmx直接就能产生拓扑文件”，这个我还是不了解该怎么 ...

你的二肽是啥文件啊，mol2吗？用gview、VMD之类的可视化软件基本都能另存为pdb格式，openbabel也可以转

xryao 发表于 Post on 2021-7-24 11:37:03

老师，“二肽属于蛋白质一类，用生物分子力场通过pdb2gmx直接就能产生拓扑文件”，这个我还是不了解该怎么做，没有二肽的.PDB文件如何能使用pdb2gmx呢

xryao 发表于 Post on 2021-7-21 13:38:50

sobereva 发表于 2021-7-21 02:52
如果dipeptide_NEW.pdb就是实际你要跑动力学的结构文件，而且这是二肽的话，根本就不应该用acpype。二肽属 ...

好的谢谢老师的回复，我在去多了解以下GROMACS中命令的使用，初学GROMACS，还有许多不懂的地方，谢谢老师提醒

sobereva 发表于 Post on 2021-7-21 02:52:34

如果dipeptide_NEW.pdb就是实际你要跑动力学的结构文件，而且这是二肽的话，根本就不应该用acpype。二肽属于蛋白质一类，用生物分子力场通过pdb2gmx直接就能产生拓扑文件，用acpype完全多余。
从你的描述上看，你对acpype的用处和pdb2gmx的用法也有着错误的理解

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register