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使用ztop拟合二面角参数

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ggdh

发布时间: 2021-7-25 00:50

正文摘要:

本帖最后由 ggdh 于 2022-2-14 16:29 编辑 ztop的安装以及使用ztop产生以及优化小分子力场见：构建及优化[小大]分子力场参数脚本ztop.py 用ztop制作大分子top文件可以参考：用ztop构建大分子/聚合物的拓扑文 ...

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luzujia 发表于 Post on 2024-11-12 19:37:22

ggdh 发表于 2024-11-10 03:30
单位不同把

数字完全不一样呀，应该是一样的嘛

不是因为经过了换算嘛

ggdh 发表于 Post on 2024-11-10 03:30:06

luzujia 发表于 2024-11-5 16:00
钟老师，ztop在屏幕上显示的k和写入到top文件里的不一样，是两套不同的参数C和F？

单位不同把

luzujia 发表于 Post on 2024-11-5 16:00:21

钟老师，ztop在屏幕上显示的k和写入到top文件里的不一样，是两套不同的参数C和F？

Hyperion 发表于 Post on 2024-6-3 15:48:49

钟老师，能讲讲“该文件包含了所有的坐标和对应的量化能量，如果找到了就利用该文件中的数据进行拟合“ 这个拟合二面角的具体算法吗

渡边京介 发表于 Post on 2023-11-15 16:47:03

刚读完钟老师的文章，还在想怎么引入二面角参数，就刷到这个帖子了

Caroline2022 发表于 Post on 2023-4-14 09:57:57

钟老师，您好，请问您在文中提到的“sob介绍的手动方法”是什么呢？有相关帖子么？

enthalpy 发表于 Post on 2023-2-27 21:39:12

本帖最后由 enthalpy 于 2023-2-27 21:42 编辑

很好的工具。请教以下，如果我已经得到QM以及MM(待拟合二面角的K设置为0)的能量，是不是也可用手动去调用脚本中函数fit_k_only和 fit_least_square 来拟合得到相关的参数？

Medivan 发表于 Post on 2022-5-19 10:15:10

本帖最后由 Medivan 于 2022-5-28 04:25 编辑

请问老师，这种情况应该如何选择周期参数呢，period的1234排列组合都试过了，都不能把中间的峰压下去

snljty 发表于 Post on 2022-4-20 19:25:24

ggdh 发表于 2022-4-20 19:15
因为最后二面角参数需要和RESP2(0.5)去匹配(共同决定二面角势能面)
所以拟合二面角参数需要用RESP2(0.5)

明白了，谢谢老师！

ggdh 发表于 Post on 2022-4-20 19:15:32

snljty 发表于 2022-4-20 17:42
钟老师好，我想请教一个问题，如果我想模拟某个分子在溶液中的动力学行为，那么我计算模拟使用的原子电荷时 ...

因为最后二面角参数需要和RESP2(0.5)去匹配(共同决定二面角势能面)
所以拟合二面角参数需要用RESP2(0.5)

snljty 发表于 Post on 2022-4-20 17:42:20

钟老师好，我想请教一个问题，如果我想模拟某个分子在溶液中的动力学行为，那么我计算模拟使用的原子电荷时，可以考虑RESP2(0.5)。那我在去掉取代基，拟合二面角的时候，应该怎么考虑能量和原子电荷呢？之前和导师讨论的结果，是对二面角做柔性扫描，和对扫描的每个点做高精度单点计算的时候用真空下的结果即可。那就有个问题，拟合二面角我用的原子电荷应该是计算的真空下的原子电荷，还是诸如RESP2(0.5)等方法描述的溶液中的原子电荷呢？谢谢老师~

小松鼠嘟嘟 发表于 Post on 2022-1-30 03:07:54

感谢大神分享！非常有用。
如果我想要调用的是OPLS-AA力场，是不是就不可以用ztop来模拟二面角参数了。。

函数与激情 发表于 Post on 2021-11-6 09:38:13

ggdh 发表于 2021-11-6 09:24
好像不方便，因为tleap好像无法载入prmtop文件你可以用gromacs 加完水以后再转成amber（用ztop就能直接转 ...

谢谢钟老师，我来试试哈~

ggdh 发表于 Post on 2021-11-6 09:24:48

本帖最后由 ggdh 于 2021-11-6 09:37 编辑

好像不方便，因为tleap好像无法载入prmtop文件

你可以用gromacs 加完水以后再转成amber（用ztop就能直接转）

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