求助半胱氨酸和Li相互作用能的计算

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发布时间: 2021-7-22 10:55

我想计算下图结构中，在存在F的情况下Li和半胱氨酸（Cys）间的相互作用能，这是我计算的方法：DEF(Li···Cys)= DE (LiF··· Cys)- DE (F··· Cys)计算结果： &n ...

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wzkchem5 发表于 Post on 2021-7-22 23:53:47

1152711743 发表于 2021-7-22 16:35
再次感谢老师耐心的回复！
我除了计算Cys和LiF的体系也计算了Cys和Li+的体系，来对比着分析F的影响。
...

那作用能为正就不奇怪了

1152711743 发表于 Post on 2021-7-22 23:35:40

wzkchem5 发表于 2021-7-22 22:38
因为Cys和F作用，削弱了F的Lewis碱性。你算出来是正的，说明Cys对于Li-F作用的削弱效应，比Cys和Li的作用 ...

再次感谢老师耐心的回复！
我除了计算Cys和LiF的体系也计算了Cys和Li+的体系，来对比着分析F的影响。
所以想把Cys通过F对Li的间接作用也考虑上。

wzkchem5 发表于 Post on 2021-7-22 22:38:30

1152711743 发表于 2021-7-22 15:24
非常感谢老师的回复！
我把Cys和F定义为一个片段，Li定义为另一个片段重新计算了Li和Cys的相互作用能
...

因为Cys和F作用，削弱了F的Lewis碱性。你算出来是正的，说明Cys对于Li-F作用的削弱效应，比Cys和Li的作用还要强。你要仔细考虑一下，你要的到底是Cys和Li的直接作用，还是也包括Cys通过F对Li的间接作用

wzkchem5 发表于 Post on 2021-7-22 14:57:15

你应该把Cys和F定义为一个片段，把Li定义为另一个片段
另外如果你研究的是溶液相的作用能，必须加溶剂模型，且第一配位层必须用显式溶剂化

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