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鬼厉

发布时间: 2021-7-23 10:16

正文摘要:

本帖最后由鬼厉于 2021-8-5 16:40 编辑请管理员删除

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鬼厉 发表于 Post on 2021-7-25 10:31:01

sobereva 发表于 2021-7-25 00:16
肉眼看看轨迹就能了解一些原因
只有你发现4-乙基-2-甲氧基苯酚分子经常、频繁和中间那个乳酸形成氢键， ...

好的，明白了，非常感谢您的解答

sobereva 发表于 Post on 2021-7-25 00:16:18

鬼厉发表于 2021-7-24 10:12
老师您好，非常感谢您的解答。

我这个模拟体系一共有500个乙醇、512个水、20个乳酸、100个4-乙基-2-甲 ...

肉眼看看轨迹就能了解一些原因
只有你发现4-乙基-2-甲氧基苯酚分子经常、频繁和中间那个乳酸形成氢键，那么aRDG等值面才可能有对应氢键的蓝色的区域。如果氢键不稳定，出现氢键的帧数占总帧数并不很大，那么时间平均值后就不会对应蓝色等值面。由于体系里有大量的水，水又和4-乙基-2-甲氧基苯酚很容易形成氢键，由于竞争关系容易导致4-乙基-2-甲氧基苯酚和乙酸间的氢键并不能稳定存在。

鬼厉 发表于 Post on 2021-7-24 10:12:07

sobereva 发表于 2021-7-23 22:28
这种带真空区的界面体系应当NVT而非NPT

1 可以。需要对比有没有另一种溶质的情况下挥发情况的差异

老师您好，非常感谢您的解答。

我这个模拟体系一共有500个乙醇、512个水、20个乳酸、100个4-乙基-2-甲氧基苯酚，只是做aRDG的时候是通过VMD选择原子语句只保存了一个乳酸分子和全部100个4-乙基-2-甲氧基苯酚分子的轨迹用来做aRDG分析，但这样做出来的图看不到有氢键的区域是什么原因呢？

sobereva 发表于 Post on 2021-7-23 22:28:56

这种带真空区的界面体系应当NVT而非NPT

1 可以。需要对比有没有另一种溶质的情况下挥发情况的差异

2 “只选择了一个乳酸分子和全部100个4-乙基-2-甲氧基苯酚分子的轨迹”你是指这个模拟体系里就只有一个乳酸分子和100个4-乙基-2-甲氧基苯酚分子？

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