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求助：立场文件中缺失原子，不知道对应的参数，应该怎么办？

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bingzan

发布时间: 2021-7-23 10:37

正文摘要:

各位老师好！我用的charmm36力场，但其下的ffnonbonded.itp文件中的atom types缺少了好几个我的pdb中含有的原子，例如CB、CH1等等。我尝试在ffnonbonded.itp中添加，但是我不知道mass,charge,sigma,epsilon,ptype ...

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sobereva 发表于 Post on 2021-7-23 23:22:44

bingzan 发表于 2021-7-23 20:10
嗯嗯我是pdb里面的原子类型在【atomtypes】中没有。我要构建的体系是POPC/POPG=3/1的混合膜上插入两种蛋 ...

都说了，pdb里根本不记录原子类型，“pdb里面的原子类型在【atomtypes】中没有”明显就是个错误的描述

bingzan 发表于 Post on 2021-7-23 20:10:09

sobereva 发表于 2021-7-23 19:04
分清楚原子名和原子类型
pdb里体现的是原子名，[atomtypes]里是原子类型，完全是两码事

嗯嗯我是pdb里面的原子类型在【atomtypes】中没有。我要构建的体系是POPC/POPG=3/1的混合膜上插入两种蛋白PGLa和MAG2，尝试了charmm-gui，但发现membrane-builder只能支持插一种蛋白，所以我必须要用gromacs来自己产生整个体系。我把两种脂质、两种蛋白的pdb整合在了一起（我直接在pymol里面全选、保存了molecule ，不知这样是否正确？），在加离子时，需要tpr文件，于是遇到了“pdb里面的原子类型在【atomtypes】中没有”这一报错，请问应该怎么解决？谢谢！

bingzan 发表于 Post on 2021-7-23 20:04:23

Kangtor 发表于 2021-7-23 16:09
先确定charmm力场中是否支持你模拟体系的力场参数

我的体系pdb是在charmm-gui里面得到的可否认为charmm力场是支持的？

sobereva 发表于 Post on 2021-7-23 19:04:33

分清楚原子名和原子类型
pdb里体现的是原子名，[atomtypes]里是原子类型，完全是两码事

wgg1181543722 发表于 Post on 2021-7-23 16:33:40

去文献里找呀

Kangtor 发表于 Post on 2021-7-23 16:09:50

先确定charmm力场中是否支持你模拟体系的力场参数

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