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PLUMED的MPI安装求助

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sun666

发布时间: 2021-7-25 19:36

正文摘要:

本帖最后由 sun666 于 2021-7-26 00:47 编辑在超算上安装了MPI版本的PLUMED2.6.3和MPI版的gromacs2018.8 安装MPI版本的PLUMED2.6.3过程如下 tar zxvf plumed-2.6.3.tgzcd plumed-2.6.3./configure --prefix=/p ...

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Daniel_Arndt 发表于 Post on 2023-10-25 12:06:51

您的当前目录里有topol.tpr文件吗？

您的slurm的输出文件里面有一句“Please consider rebuilding gmx mdrun with the GMX_USE_RDTSCP=ON CMake option.”

我一般只有在跑Hamiltonian replica exchange时才用有MPI的plumed。一般的超算上会有多个MPI，比如openmpi的不同版本、mpich的不同版本。我曾经试过用不同的MPI的module来编译有MPI的plumed。

Exodus 发表于 Post on 2023-10-25 10:53:52

我也遇到了一样的问题，plumed-2.9.0和相应的MD engine都是MPI编译的，但是-plumed只能在单核状态下运行，使用mpirun就会出现段错误，也不知道什么原因

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