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求助Multiwfn和Gromacs计算的分子间弱相互作用力相差较大

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Ymw2021

发布时间: 2021-7-26 15:58

正文摘要:

我用Multiwfn和Gromacs计算了同一构型两个分子之间的弱相互作用，计算结果如下图所示。计算方法：Gromacs gmx energy 计算了50帧动力学的能量，coulombtype = cut-off，rcoulomb = 1.4。将第一帧构型另存为pdb文件 ...

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nianbin 发表于 Post on 2023-4-17 21:48:21

Multiwfn中这个数据怎么获得的呀

Ymw2021 发表于 Post on 2021-7-29 14:01:49

sobereva 发表于 2021-7-27 00:33
要对比，必须用的原子电荷一致。

gmx里库仑作用只截断到1.4 nm，明显可能会有很大误差，要对比的话应当 ...

谢谢sob老师，问题已解决。是gromacs计算Coulomb（SR）的算法问题。

sobereva 发表于 Post on 2021-7-27 00:33:39

要对比，必须用的原子电荷一致。

gmx里库仑作用只截断到1.4 nm，明显可能会有很大误差，要对比的话应当设到无穷大（如果你的模拟没用PBC）

我不知道你给出的gmx里的能量是所有帧平均还是只是第一帧的，如果是前者，和Multiwfn给的没有可比性

还要说清楚力场。弄清楚到底gromacs里当前用的力场和Multiwfn的EDA-FF能量分解功能当前选的力场，以及指认的原子类型是否一致

亦有可能你在Multiwfn里使用不当，或者gmx energy数据读取不当，需要仔细检查

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