利用AmberTools里自带的Antechamber工具结合acpype.py脚本时出了问题

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发布时间: 2021-7-28 20:27

想用gromac对萃取过程进行模拟，合成了bpy-ntf2离子液体，在对ntf2阴离子利用AmberTools里自带的Antechamber工具结合acpype.py脚本对于产生GAFF力场的GROMACS格式的小分子拓扑文件时遇到了问题，无法将命令跑出，希 ...

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肃旭棒棒哒 发表于 Post on 2021-8-10 15:37:15

终于把问题解决了，其实是构型画错了，应该将少一个氢的n原子连接的键改成共轭键。

sobereva 发表于 Post on 2021-7-30 07:01:24

肃旭棒棒哒发表于 2021-7-29 12:20
您好，我也这样用来着，

acpype加上-d输出debug信息便于判断原因

sun666 发表于 Post on 2021-7-30 02:09:05

肃旭棒棒哒发表于 2021-7-29 12:54
老师您好，我按正确的输入，也报错了。

检查一下mol2文件，另外mol2文件都包含什么元素，有些元素可能不识别

ggdh 发表于 Post on 2021-7-29 18:02:16

肃旭棒棒哒发表于 2021-7-29 12:54
老师您好，我按正确的输入，也报错了。

好像需要安装openbabel。
用ztop把 acpype没法解决缺失参数的问题。

肃旭棒棒哒 发表于 Post on 2021-7-29 12:54:48

sobereva 发表于 2021-7-29 05:42
-n后面接着净电荷数值，写-1/1完全莫名其妙

老师您好，我按正确的输入，也报错了。

sobereva 发表于 Post on 2021-7-29 05:42:29

-n后面接着净电荷数值，写-1/1完全莫名其妙

k64_cc 发表于 Post on 2021-7-28 23:10:48

他error写的挺明白啊，-1/1不是整数。

牧生 发表于 Post on 2021-7-28 23:01:28

见如下链接
http://sobereva.com/266

如果你懒得为了用acpype而装臃肿庞大的AmberTools，可以用在线版http://bio2byte.be/acpype/，不过可能排队要排很久。所以如果你要快速处理较多小分子，还是建议用离线版acpype。

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