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使用Multiwfn通过ETS-NOCV方法深入分析片段间的轨道相互作用

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发布时间: 2021-7-31 13:11

正文摘要:

使用Multiwfn通过ETS-NOCV方法深入分析片段间的轨道相互作用In-depth analysis of orbital interactions between fragments using the ETS-NOCV method in Multiwfn 文/Sobereva@北京科音  2021-Jul-31 ...

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pahongso 发表于 Post on 2025-8-3 17:32:27
sobereva 发表于 2025-8-3 14:13
只能当单重态,要不然三个HCCH的总alpha、beta电子数和整个苯不对应。注意这样严重弯曲的HCCH结构有可能 ...

好的,帮助非常大,谢谢您
sobereva 发表于 Post on 2025-8-3 14:13:58
pahongso 发表于 2025-8-3 11:45
Sob老师,非常感谢您的回复!您说的那个例子的输入文件是个过渡态,把它的片段当成乙烯单重态来看。如果 ...

只能当单重态,要不然三个HCCH的总alpha、beta电子数和整个苯不对应。注意这样严重弯曲的HCCH结构有可能是自旋极化单重态,参考
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82

pahongso 发表于 Post on 2025-8-3 11:45:33
sobereva 发表于 2025-8-2 21:15
当单重态。看一眼Multiwfn自带的这个例子的输入文件便知

Sob老师,非常感谢您的回复!您说的那个例子的输入文件是个过渡态,把它的片段当成乙烯单重态来看。如果我的整体分子不是苯的过渡态而就是苯分子的话,想要研究一下苯分子碳碳成键中pi键贡献有多大。根据“计算片段时应当让片段的电子结构与它在整体中尽量相似”原则,应当把片段设置成几重态好。真心请教您
sobereva 发表于 Post on 2025-8-2 21:15:53
pahongso 发表于 2025-8-2 19:00
Sob老师,我认真仔细地阅读了您这篇文章,可以请教您一个问题嘛,就是例4的苯的过渡态如果我把它变成苯分子 ...

当单重态。看一眼Multiwfn自带的这个例子的输入文件便知
pahongso 发表于 Post on 2025-8-2 19:00:04
Sob老师,我认真仔细地阅读了您这篇文章,可以请教您一个问题嘛,就是例4的苯的过渡态如果我把它变成苯分子分解成三个片段的话,应该把每个片段当成4个自由基(两个碳的两端各有一个σ键断掉之后的单电子和两个碳各有一个pi电子)来处理嘛,片段设置五重态。
sobereva 发表于 Post on 2025-7-18 09:28:30
中二晚期 发表于 2025-7-18 08:58
社长,使用ETS-NOCV研究多金属体系有意义吗?例如研究酶里面的4Fe4S簇与周围氨基酸残基的轨道相互作用。
...

1 得恰当设置初猜波函数,使DFT收敛到有意义的波函数。当然也有的过渡金属团簇体系可能目前没有泛函能给出合理结果
2 没有
3 看具体情况。往往需要恰当设置片段初猜,下文说了
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82
中二晚期 发表于 Post on 2025-7-18 08:58:37
社长,使用ETS-NOCV研究多金属体系有意义吗?例如研究酶里面的4Fe4S簇与周围氨基酸残基的轨道相互作用。
现在有三个问题:
1. 含有多个过渡金属的体系,使用DFT能得到正确的电子结构嘛?
2. 如果得不到,那基于此电子结构做的轨道分析还有意义吗?
3. 当过渡金属多的时候,如何找到正确的轨道,看局域轨道,感觉很难将具体轨道放到对应的金属上,有没有什么好的方法划分轨道到具体原子上的贡献
sobereva 发表于 Post on 2023-11-29 00:24:17
LZHX2210 发表于 2023-11-28 22:45
老师好,想请教一个问题。
看了您在本文中“3.4 弱相互相互作用的例子:A-T碱基对”这个研究分子间弱相互 ...

不存在“静电轨道相互作用”这种说法
静电作用和轨道相互作用完全是两种不同的本质

看下文了解弱相互作用本质方面的相关常识
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?”
http://sobereva.com/413http://bbs.keinsci.com/thread-9772-1-1.html
LZHX2210 发表于 Post on 2023-11-28 22:45:18
老师好,想请教一个问题。
看了您在本文中“3.4 弱相互相互作用的例子:A-T碱基对”这个研究分子间弱相互作用的例子。
以及您在http://bbs.keinsci.com/thread-39446-1-1.html中提到
“值得一提的是,sobEDA/sobEDAw给出的轨道相互作用能ΔE_orb还可以用Multiwfn进一步通过ETS-NOCV方法进行分解,
能得到不同类型轨道相互作用的能量贡献以及对应的电子密度变化,对于探究片段间轨道相互作用本质极其有用!”

我想请教一下,分子间的这种弱相互作用的轨道类型是  “范德华轨道相互作用和静电轨道相互作用”   吗?
护卫天使 发表于 Post on 2022-11-9 16:08:08
护卫天使 发表于 2022-10-22 10:36
老师好,对于ETS-NOCV分析,片段自旋多重度比较麻烦。这是我计算的复合物和三个片段的设置,麻烦老师帮忙看 ...

老师好,对于这个体系,想先做个能量分解,再分析ETS-NOCV。老师博文中说到GAMESS-US软件最推荐,但是没有相关教程,输入文件相较麻烦。请问老师的EDA-FF方法是否适用?Multiwfn结合高斯作简单能量分解,但不能单独输出静电作用。
sobereva 发表于 Post on 2022-11-7 10:19:50
护卫天使 发表于 2022-11-7 10:00
好的感谢老师。
1、这么多负值的原因是单纯由基组引起的吗?
2、我对复合物的IRI和AIM分析还有计算结合 ...

1 可能是也可能不是
2 没有问题
护卫天使 发表于 Post on 2022-11-7 10:00:19

好的感谢老师。
1、这么多负值的原因是单纯由基组引起的吗?
2、我对复合物的IRI和AIM分析还有计算结合能,计算级别都是PBE0/def2-tzvp级别。不知道在CDA和ETS-NOCV分析,假如用了不同的基组,这样是否合适?希望得到老师的解答。
sobereva 发表于 Post on 2022-11-6 09:52:38
护卫天使 发表于 2022-11-5 15:11
再次向老师请教一下,我用34L文件的计算结果作了CDA分析,结果bcck donation这一项都是负数,这该如何解 ...

可以用6-31G*试试
护卫天使 发表于 Post on 2022-11-5 15:11:01
本帖最后由 护卫天使 于 2022-11-5 15:21 编辑

再次向老师请教一下,我用34L文件的计算结果作了CDA分析,结果bcck donation这一项都是负数,这该如何解释?是否CDA对该体系不适用?而且我在ETS-NOCV分析中明显看到了电子反馈的现象。

1667632303404.jpg (11.23 KB, 下载次数 Times of downloads: 127)

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