求助，使用gromacs进行真空模拟过程体系频繁崩溃

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发布时间: 2021-8-3 10:06

本帖最后由 liushu 于 2021-8-3 11:08 编辑因为分子里有硅，所以想要用opls-aa力场使用packmol构建体系，在80大小的盒子里面，各放了150个cis，ch分子，

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李瘦瘦 发表于 Post on 2024-9-18 14:29:22

您好，请问真空模拟的mdp文件可以分享一下吗，谢谢

liushu 发表于 Post on 2021-8-4 09:02:01

sun666 发表于 2021-8-3 19:35
现在起码没有lincs warning了。这个报错我倒是没遇到过可以google一下

感谢指点，已经解决，从头检查发现是成品模拟用错了文件，本来应该是em.gro，用成了最初的pdb，所以出现了这个fatal error（系统崩溃）

sun666 发表于 Post on 2021-8-3 19:35:38

liushu 发表于 2021-8-3 15:21
刚试了一下，设置为200，设置为0，都还是会崩溃

现在起码没有lincs warning了。这个报错我倒是没遇到过可以google一下

sun666 发表于 Post on 2021-8-3 14:55:18

liushu 发表于 2021-8-3 14:17
这两个分别是能量最小化和成品模拟的mdp，请教一下是否有什么错误，感谢
改了好多次，但是一到 gmx mdru ...

温度设置低一点试试。真空常温条件肯定跑飞了

sun666 发表于 Post on 2021-8-3 10:53:44

liushu 发表于 2021-8-3 10:36
试了1fs步长，会出现lincs warning报错
能请教一下这个是怎么回事吗
是初始结构有问题，或者mdp文件 ...

检查一下初始结构和，mdp文件。真空中模拟的话看温度设置是否得当，另外em过程步数设置大一点，

sun666 发表于 Post on 2021-8-3 10:10:00

减小步长试试

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