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用Packmol创建了含膜蛋白的生物膜系统，但无法在amber中正常运行，请求帮助

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Kamala

发布时间: 2021-8-6 16:59

正文摘要:

1.用packmol构建初始体系，构建出来的体系如下图 2.问题1. 用charmmlipid2amber.py命令后，显示Error: No residues substituted。网上查询问题未果 3.问题2 直接用packmol得到的out.pdb文件进行tleap，显示 ...

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Kamala 发表于 Post on 2021-8-6 22:39:10

rpestana94 发表于 2021-8-6 22:29
you can try with charmm-gui to built the system, it will give you the amber files ready or try to er ...

是 packmol走不通，我现在在用charmm_gui，感谢回复！

rpestana94 发表于 Post on 2021-8-6 22:29:55

you can try with charmm-gui to built the system, it will give you the amber files ready or try to erase all the hydrogen in your system and let leap add them for you, as I can see the error comes from an hydrogen

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