没必要管make check。实在不放心可以找测试过程产生的文件，如果提供了标准参考文件，看看具体差异有多大。

越往后的gmx版本，GPU运行支持的功能越多、限制越小。mdp没必要特殊考虑，常用的设置GPU运行基本都支持。细节可以看手册。