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优化配合物的时候配体总是没配上

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发布时间: 2015-12-29 15:37

正文摘要:

本帖最后由 喵帕斯 于 2015-12-29 20:33 编辑 最近在算一个卟啉钴的体系,其中一个中间产物是M-CO2-的形式,结果优化完成后,CO2总是配不上。另外有意思的是,另一个中间产物M-COOH倒是配得很好,和文献给出的结 ...

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喵帕斯 发表于 Post on 2015-12-30 01:13:53
liyuanhe211 发表于 2015-12-29 22:23
冻结键长先优化只是为了减少小步长下的优化循环数,减少计算时间。如果有其他提供好的初猜的办法也一样。

嗯,已经提交上去了,感谢帮助
喵帕斯 发表于 Post on 2015-12-30 01:13:32
root 发表于 2015-12-29 22:13
你把CO2竖着放上去试试,让O原子靠近钴,OCO键角稍微弯一下,150°吧,用这样的初始猜想优化看看会怎么样

不过这个结构和文献给出的结构不一致,所以还是很矛盾
liyuanhe211 发表于 Post on 2015-12-29 22:23:07
喵帕斯 发表于 2015-12-29 20:19
冻结键长的方法我试过了,结果还是那样。不过倒是没有缩小步长,这种我再去试试,多谢啦

冻结键长先优化只是为了减少小步长下的优化循环数,减少计算时间。如果有其他提供好的初猜的办法也一样。
root 发表于 Post on 2015-12-29 22:13:47
你把CO2竖着放上去试试,让O原子靠近钴,OCO键角稍微弯一下,150°吧,用这样的初始猜想优化看看会怎么样
喵帕斯 发表于 Post on 2015-12-29 20:19:33
liyuanhe211 发表于 2015-12-29 19:40
可能解离所需的势垒很低,建议参考已知体系,确定一个近似的M-C(O2)键长,然后锁定该键长进行优化,优化后 ...

冻结键长的方法我试过了,结果还是那样。不过倒是没有缩小步长,这种我再去试试,多谢啦
liyuanhe211 发表于 Post on 2015-12-29 19:40:32
可能解离所需的势垒很低,建议参考已知体系,确定一个近似的M-C(O2)键长,然后锁定该键长进行优化,优化后放开限制,使用较小的优化步长进行优化。

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