msd模块的几个问题

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发布时间: 2021-8-11 20:41

通过gmx_mpi msd 得到的msd.xvg文件，部分内容如下： # GROup of MAchos and Cynical Suckers # @ title "Mean Square Displacement" @ xaxis label "Time (ps)" ...

回复 Reply

huangtingyanyi 发表于 Post on 2021-8-12 01:12:02

Kangtor 发表于 2021-8-11 23:20
一般来说，力场参数你是没办法随便调整的，除非有特殊的目的。
但是你可以把计算结果之间定性去比较，一 ...

好的，非常感谢啊！

Kangtor 发表于 Post on 2021-8-11 23:20:17

huangtingyanyi 发表于 2021-8-11 21:26
改变力场的参数影响太大了，只能慢慢调试了。

一般来说，力场参数你是没办法随便调整的，除非有特殊的目的。
但是你可以把计算结果之间定性去比较，一般都能得到合适的结论，尤其是在定性一致的方面

Kangtor 发表于 Post on 2021-8-11 23:17:23

huangtingyanyi 发表于 2021-8-11 21:26
改变力场的参数影响太大了，只能慢慢调试了。

不好意思，没看清楚。我以为你说的扩散系数的单位

gromacs的MSD指的应该是平均了每个粒子后的nm^2

Kangtor 发表于 Post on 2021-8-11 21:13:55

一般与实验值有较大误差是由于力场参数不好，或者缺少极化（针对特殊的体系）

你发个文献中的截图看看，我用的都是cm^2/s

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