sobereva 发表于 2021-8-20 06:39 好的，谢谢卢老师的建议  |
小萌薇 发表于 2021-8-19 15:44 你应当用genmer+molclus做构型搜索，诸如考察两个分子结合的各种可能性就对二聚体构型搜索、考察三个分子结合的各种可能结构就用三聚体构型搜索，没有人用150个分子直接暴力计算的，就算算完了你也没法分析。 参考 genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具 http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html |
sobereva 发表于 2021-8-19 02:09 抱歉老师，我打字失误了。我是想算我这150分子的构型分布，也就是形成的氢键聚集体的种类，以及能量排序。仿照的是您计算水分子构型分布的例子。 |
小萌薇 发表于 2021-8-18 16:15 你严重缺乏量化计算常识 哪能直接跑这种规模的体系 先说清楚你到底对什么体系要研究什么。考察构象分布明显应当用单个分子，周围其它分子的环境靠溶剂模型表现。直接算150个干嘛，我的molclus帖子里的所有例子从来没有这么算的 |
snljty 发表于 2021-8-18 16:09 谢谢科普。我是要用molclus计算一个大体系（150个分子共6000个原子）里的构象分布，参考的是卢老师发的博文，可以双击molclus.exe直接调用mopac,在template.mop中我也开了MOZYME。只是双击molclus.exe后，显示Cannot found MOPAC.arc, the task may be failed。mopacs下载下来并没有.arc文件，所以暂时没有找到解决的方法。 |
小萌薇 发表于 2021-8-18 15:38 arc = archive是MOPAC输出的存档文件...先检查你的输出文件MOPAC.out的内容。如果只有这一个结构，没必要用molclus调用，直接跑就行。顺便，如果你结构里真有6000个原子，按你原来的关键词不开MOZYME肯定算不动。 |
sobereva 发表于 2021-8-17 20:18 好的，我重新读了老师的博文，是我自己懵了，把mopac官网给的如何运行mopacs的指令与molculs自动调用mopac程序的指令混淆了。请问老师，在后续的计算中遇到 Cannot found MOPAC.arc, the task may be failed的报错该怎么解决呢？下载安装好的mopac里并没有自带mopac.arc的文件。 |
snljty 发表于 2021-8-17 15:48 非常感谢，我又认真读了一遍卢老师的博文，是我自己懵了。并且也用上了你建议的关键词。但是我在windows的机子上运行后，molculs上显示 Current date: 2021-08-18 Time: 15:19:21 Loading geometry 10 from the inputted geometry file Generating MOPAC.mop... Running MOPAC: "C:\Program Files\MOPAC\MOPAC2016.exe" MOPAC.mop Cannot found MOPAC.arc, the task may be failed Wall clock time elapsed for calculating this configuration:我检查了mpoca,安装和激活没有问题，molclus也按照博文设置好了参数，但总是报错Cannot found MOPAC.arc。同学可以再给我一些建议吗？ |
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使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索 http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html 我帖子里从来没让你把template.mop自己手动给MOPAC计算。template.mop是被molclus利用的。此文件里连坐标都没有，MOPAC能直接给你算成功就新鲜了 |
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template文件里又没有原子信息，只是个模板，当然不能交给MOPAC算。再认真看一下卢老师的博文。要么把[GEOMETRY]换成你的坐标然后用MOPAC算，要么双击molclus.exe用molclus调用MOPAC算。 顺便，6000个原子，不开MOZYME别想算的动。 |
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