看上去是直接使用了实验测得的晶体结构数据，而配体上的原子处于特殊位置，可依次尝试以下方法处理：
（1）在最新的CoRE MOFs数据库中检索，是否有前人已经修好了的结构可以拿来直接用；但是比较新报道的实验结构就未必找得到。
（2）取消对称性并将occupancy设为1之后，直接删去多余的原子，并作基于第一性原理的结构优化，晶胞参数保留实验值；但是，把化学键改对了用基于力场的方法来优化可能更快（也更容易出奇怪的问题）。
（3）在取消对称性之前，挪动处于特殊位置的其中一个原子，另一个原子也会发生镜像移动，两者重合时可认为是原子的准确位置；重复上述步骤直到所有原子重合，然后取消对称性，删去重合的多余原子。
（4）特殊位置两个原子的坐标取平均作为原子的实际位置，论坛很可能有大佬已经写了处理这种情况的代码，请楼下其他大佬指教。