氧化石墨烯结构XYZ分享

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发布时间: 2021-8-18 10:59

最近做的一个课题涉及到氧化石墨烯建模，根据文献Structure of Graphite Oxide Revisited中（J. Phys. Chem. B 1998, 102, 4477-4482）的结构画了一个，然后用GFN2-XTB优化了，现将坐标分享一下，如有问题，概不负责 ...

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牧生 发表于 Post on 2024-11-6 09:21:20

本帖最后由牧生于 2024-11-6 13:38 编辑

zhujiabao 发表于 2024-11-6 08:54
请教一下牧生，这个问题你是如何解决的呢，我现在也想用这个模型

用过一些建立石墨烯的工具，发现这个最简单，最好用，但是竟然上一次更新都是12年前了

https://github.com/thatchristoph/vmd-cvs-github/tree/master/plugins/nanotube

试试这个吧，建立一个更小的模型，就当做小分子来计算。

zhujiabao 发表于 Post on 2024-11-6 08:54:43

牧生发表于 2023-4-4 16:14
如果我要用这个结构去做水溶液中的氧化石墨烯模拟，那么，我该用什么方法去计算RESP电荷呢？

这个结构有 ...

请教一下牧生，这个问题你是如何解决的呢，我现在也想用这个模型

cherryp 发表于 Post on 2023-7-1 16:36:30

本帖最后由 cherryp 于 2023-7-1 16:40 编辑

博主您好，我是用vmd和namd做计算，然后需要的文件是pdb、和psf，我这个是一个石墨烯的pdb文件，您分享的这个pdb里面是不是不太一样，这个结构怎么去统一一下，还请指点一下，感谢，感谢！

2.jpg (384.78 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

3.jpg (691.19 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

牧生 发表于 Post on 2023-4-4 16:14:19

如果我要用这个结构去做水溶液中的氧化石墨烯模拟，那么，我该用什么方法去计算RESP电荷呢？

这个结构有400多个原子，且有很多共轭的键。如果直接用懒人脚本，B97-3c去优化结构合适吗？如果提高计算级别，可能机子会有点带不动。

wolfli369 发表于 Post on 2022-5-5 07:44:17

gog 发表于 2022-5-4 08:40
弯曲才正常。除了理论模型，现实中不存在绝对平整的平面状石墨烯。氧化石墨烯，更得是弯曲起伏的海浪面结 ...

谢谢解答

gog 发表于 Post on 2022-5-4 08:40:58

wolfli369 发表于 2022-5-3 16:06
结构弯曲太厉害

弯曲才正常。除了理论模型，现实中不存在绝对平整的平面状石墨烯。氧化石墨烯，更得是弯曲起伏的海浪面结构

wolfli369 发表于 Post on 2022-5-3 16:06:46

结构弯曲太厉害

202205031606291722..png (139.49 KB, 下载次数 Times of downloads: 30)

段家康 发表于 Post on 2022-5-3 15:06:46

这个本来就是这样子吗，还是我哪里搞错了。

202205031506065206..png (141.4 KB, 下载次数 Times of downloads: 22)

murphy 发表于 Post on 2022-4-20 15:42:13

好东西啊，你这篇文章发表了吗，我可以引用你的结构

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