fwan1006 发表于 2021-8-30 12:33
感谢老师。但是对于NVT模拟来说，体积V是固定下来的，那对pressure每一帧取时间平均和直接用平均来乘是一 ...

我现在也在计算一个小分子混合体系的内能，但是这个混合体系在NPT下的内能波动很大，在NVT下算出的内能却很平稳，但是我从NVT下的der文件中提取出来的压力却和学长你这种情况一样，都是负值，想请教一下学长有什么头绪吗

sobereva 发表于 2021-8-27 06:40
不要拿average直接相乘，而是要把每一帧的压力和体积相乘，最后再取时间平均。自己用excel就可以实现

感谢老师。但是对于NVT模拟来说，体积V是固定下来的，那对pressure每一帧取时间平均和直接用平均来乘是一样的；
第二个是我在NPT模拟里也试了一下对pressure和volume逐帧相乘再平均，给出的值是-967.9597 bar*nm3，按上一个回答里的方式转换过来是-0.01942 kJ/mol；  但是gmx energy直接读的pV值是45.9888 kJ/mol， 还是对应不上，不知道是哪里有问题，想请老师再帮忙解答一下。

fwan1006 发表于 2021-8-26 16:40
老师，我想着按您的方法去做，但是我想先在NPT模拟的结果中验证一下这个pV的值是怎么来的。
这是一次NPT ...

不要拿average直接相乘，而是要把每一帧的压力和体积相乘，最后再取时间平均。自己用excel就可以实现

fwan1006 发表于 2021-8-24 15:37
老师，我按您的方式去做了NVT模拟，但是NVT模拟的结果用gmx energy去读没有Enthalpy这一项啊，想用Total  ...

读压力，自己乘上V

sobereva 发表于 2021-8-24 06:25
是

老师，我按您的方式去做了NVT模拟，但是NVT模拟的结果用gmx energy去读没有Enthalpy这一项啊，想用Total Energy + pV来算发现也没有pV这一项。

fwan1006 发表于 2021-8-23 17:31
谢谢SOB老师！
去掉-nmol选项之后，Total Energy + pV = Enthalpy的关系式确实可以直观的看到了。关于老 ...

是

sobereva 发表于 2021-8-21 13:16
用诸如OPC水模型，沸点可以算得挺准
你也可以不用控压，直接在沸点密度对应的盒子尺寸下计算焓

谢谢SOB老师！
去掉-nmol选项之后，Total Energy + pV = Enthalpy的关系式确实可以直观的看到了。关于老师的建议：
一是用OPC水模型算沸点；我是计算纯物质的沸点如正辛烷的沸点，之前有模拟过，温度设定还没到实际沸点的时候分子就汽化了。
二是不控压；老师您的意思是指用NVT模拟在沸点温度和沸点密度对应的盒子尺寸下模拟吗？
再次感谢老师！

fwan1006 发表于 2021-8-20 13:53
谢谢SOB老师！
但是这样做存在的问题是：由于数据库里给的标准状态是在沸点的温度下，但是gromacs模拟沸 ...

用诸如OPC水模型，沸点可以算得挺准
你也可以不用控压，直接在沸点密度对应的盒子尺寸下计算焓

注意-nmol选项

你也以相同方法计算398.77K下焓值，然后和当前情况求差就完了

内能等于体系总能量（动能+势能）的时间平均，加上pV就是焓。势能的零点就是力场定义的零点