单个孤立离子写itp、top文件时，是否需要写上bond、angle项

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发布时间: 2021-8-23 19:42

本帖最后由 a9471163 于 2021-8-23 19:45 编辑各位老师，我使用gromacs在OPLS-AA力场下模拟有机物跟铅离子的相互作用，想使用UFF力场里铅离子的参数，查询UFF原文（J. Am. Chem. SOC. 1992, 114, 10024-10039） ...

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a9471163 发表于 Post on 2021-8-27 10:37:04

k64_cc 发表于 2021-8-25 21:18
我是说整个小的体系算下QM结合能，判断一下够不够成化学键啥的……

好的，谢谢，那我用量化程序跑下

k64_cc 发表于 Post on 2021-8-25 21:18:03

a9471163 发表于 2021-8-25 19:53
您意思是计算伞形采样，看下结合自由能是吧，然后看看自由能的绝对值如果很大（跟静电能+范德华能相比， ...

我是说整个小的体系算下QM结合能，判断一下够不够成化学键啥的……

a9471163 发表于 Post on 2021-8-25 19:53:00

k64_cc 发表于 2021-8-25 14:04
要不简化一下，弄个等效的小体系算一下binding energy？

您意思是计算伞形采样，看下结合自由能是吧，然后看看自由能的绝对值如果很大（跟静电能+范德华能相比，大不少），那就是配位作用比较强，形成比较稳定的配合物了

k64_cc 发表于 Post on 2021-8-25 14:04:33

a9471163 发表于 2021-8-25 13:08
明白了，非常感谢，那我现在不知道有机物跟目标离子配位作用是不是很强，文献也没查到这方面资料，为了保 ...

要不简化一下，弄个等效的小体系算一下binding energy？

a9471163 发表于 Post on 2021-8-25 13:08:02

k64_cc 发表于 2021-8-24 16:07
离子和水的相互作用不强，你甚至能在纳秒尺度看到结合水与溶剂水之间的交换。如果你的有机物和离子之间相 ...

明白了，非常感谢，那我现在不知道有机物跟目标离子配位作用是不是很强，文献也没查到这方面资料，为了保险是不是先用从头算动力学看看能不能形成配位键呢

Kangtor 发表于 Post on 2021-8-24 17:36:22

a9471163 发表于 2021-8-24 12:55
OPLS-AA没有铅的参数，是只能混用力场了吧，您有好办法吗，求教

谷歌搜搜

k64_cc 发表于 Post on 2021-8-24 16:07:50

a9471163 发表于 2021-8-24 12:43
非常感谢，还有个疑惑，文献Dynamics of Humic Acid and Its Interaction with Uranyl in the Presence o ...

离子和水的相互作用不强，你甚至能在纳秒尺度看到结合水与溶剂水之间的交换。如果你的有机物和离子之间相互作用也这么弱，那用经典力场也行。

如果你有机物和离子之间的配位作用强到成了化学键（which is 一般情况下说的配位键），那肯定整不了，建议把离子和配体当成一整个分子来搞。

a9471163 发表于 Post on 2021-8-24 12:55:32

Kangtor 发表于 2021-8-23 21:39
力场混用的问题比较严重

OPLS-AA没有铅的参数，是只能混用力场了吧，您有好办法吗，求教

Kangtor 发表于 Post on 2021-8-23 21:39:35

力场混用的问题比较严重

k64_cc 发表于 Post on 2021-8-23 20:24:11

1. 不写。
2. 这种力场模拟不了孤立离子的配位键。
3. 用2

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