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请问计算膜蛋白的静电势,用哪些软件或方法可以指定膜环境

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发布时间: 2021-8-24 13:11

正文摘要:

1.中间有pore的话,还需要指定吗,还是会自动填充溶剂。 2.中间的cylinder有必要指定吗,软件会自动探测到空腔,填充溶剂? 3.做出来的dx文件,问每一列是什么意思,怎么计算得到pore区的静电势,单位还要是kcal/m ...

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哈哈加油 发表于 Post on 2022-2-20 21:19:24
请问,问题你解决了吗?我的问题和你一样可以a 交流一下吗?
sobereva 发表于 Post on 2021-8-25 11:36:53
我不用charmm-gui。.dx是一种格点数据文件格式,可以载入Multiwfn(http://sobereva.com/multiwfn。不过我只测试过和VMD的volmap插件产生的.dx的兼容性),然后用主功能13的选项0转换成常用得多得多的cub格式,cub格式在下文有详细说明
Gaussian型cube文件简介及读、写方法和简单应用
http://sobereva.com/125

“pore区的静电势”这种描述不准确。pore区域是一大块区域,里面每个位置的静电势都不一样,不知道你想获得什么形式的数据。
金水河的春天 发表于 Post on 2021-8-25 11:02:50
sobereva 发表于 2021-8-25 10:39
提问时候把前提说清楚,诸如莫名其妙来一句“做出来的dx文件”,主语都没有,用的什么程序别人都不知道,怎 ...

不好意思啊卢老师,我用的是APBS的pymol版,也用过APBS网页版,还用过charmm-gui网页版,计算静电势的时候最终都会生成一个.dx文件,我的蛋白是一个离子通道里面有pore,就是想问这些软件是否能自动识别蛋白跨膜表面和蛋白的通道区域,因为这些区域设置的dielectric数值不同。感谢您的回复
sobereva 发表于 Post on 2021-8-25 10:39:35
提问时候把前提说清楚,诸如莫名其妙来一句“做出来的dx文件”,主语都没有,用的什么程序别人都不知道,怎么回复。“...,软件会自动探测到空腔,填充溶剂?”你还让别人猜你用什么软件?

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