计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register

如何基于从头算结合计算几何计算元素在两相间的分配比

查看数: 4822 | 评论数: 1 | 收藏 Add to favorites 2
关灯 | 提示:支持键盘翻页<-左 右->
    组图打开中,请稍候......
发布时间: 2021-8-24 19:58

正文摘要:

本帖最后由 nusiew 于 2021-8-26 08:59 编辑 请问大家有没有听说过 hull 和 inhedron 两个程序? 各位老师、同学、前辈,大家晚上好!最近看文献,发现一种利用轨迹输出文件(由从头算分子模拟得到),结合计 ...

回复 Reply

Charlie-Ma 发表于 Post on 2021-8-26 10:39:28
本帖最后由 Charlie-Ma 于 2021-8-27 12:52 编辑

#关于inhedron程序
inhedron程序可以用来查询点与多面体的相对位置,即在多面体内部、外部还是表面。在模拟计算中可以用于判断原子与相或者团簇的相对位置。
inhedron程序的运行方式如下:
1. 首先,它会询问您多面体有多少个顶点。
2. 然后它让你输入每个顶点的 XYZ 坐标。
3. 然后它会询问您多面体有多少个三角形面。
4. 然后它让你为每个面输入三个索引(顶点从 0 开始编号,而不是 1)。
5. 然后它会要求您输入任意数量点的 XYZ 坐标,inhedron确定每个点是在多面体的内部、外部还是正好位于多面体上。

输出结果中
    'V':查询点a与多面体P的顶点重合。
    'E':查询点a在多面体P的边的相对内部。
    'F':查询点a位于多面体P的面的相对内部。
    'i':查询点a严格位于多面体P 的内部。
    'o':查询点a严格位于多面体P 的外部(或外部)。
该链接中对其如何使用说明的很详细,望参考
http://ptinpoly.pbworks.com/w/page/19749262/O'Rourke%20C%20Code

#关于hull程序
程序可以从此处下载:jhsa26/hull (github.com)
http://www.qhull.org/


Matlab中的alphashape函数也可以实现改需求
https://ww2.mathworks.cn/help/matlab/ref/alphashape.html






手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-18 16:37 , Processed in 0.237479 second(s), 25 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list